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Yorodumi- PDB-3rmt: Crystal structure of putative 5-enolpyruvoylshikimate-3-phosphate... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3rmt | ||||||
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Title | Crystal structure of putative 5-enolpyruvoylshikimate-3-phosphate synthase from Bacillus halodurans C-125 | ||||||
Components | 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase 1EPSP synthase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGRC / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium | ||||||
Function / homology | Function and homology information 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus halodurans (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.8 Å | ||||||
Authors | Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Seidel, R. / Ramagopal, U. / Zencheck, W. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of putative 5-enolpyruvoylshikimate-3-phosphate synthase from Bacillus halodurans C-125 Authors: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Seidel, R. / Ramagopal, U. / Zencheck, W. / Almo, S.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3rmt.cif.gz | 653.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3rmt.ent.gz | 547.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3rmt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/3rmt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/3rmt | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1rf4S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 48595.590 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus halodurans (bacteria) / Strain: C-125 / Gene: aroA1, aroE, BAB05386.1, BH1667 / Plasmid: BC-PSGX3(BC) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)CODON+RIL References: UniProt: Q9KCA6, 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.08 Å3/Da / Density % sol: 60.06 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 Details: 2.0 M amm. sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 0.9791 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Nov 30, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.8→50 Å / Num. obs: 59796 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 6.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 53.54 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1RF4 Resolution: 2.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 42.144 / SU ML: 0.355 / SU R Cruickshank DPI: 1.1168 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 1.117 / ESU R Free: 0.393 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 74.057 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.8→2.871 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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