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- PDB-3rix: 1.7A resolution structure of a firefly luciferase-Aspulvinone J i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rix
タイトル1.7A resolution structure of a firefly luciferase-Aspulvinone J inhibitor complex
要素Luciferin 4-monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / oxidoreductase (酸化還元酵素) / monooxygenase / photoprotein / luminescence (ルミネセンス) / aspulvinone / natural product extracts / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Photinus-luciferin 4-monooxygenase (ATP-hydrolyzing) activity / firefly luciferase / long-chain fatty acid-CoA ligase activity / fatty-acyl-CoA biosynthetic process / 生物発光 / ペルオキシソーム / protein-folding chaperone binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-923 / Luciferin 4-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Photinus pyralis (ホタル)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Lovell, S. / Battaile, K.P. / Lopez, P.C. / Auld, D.S. / Schultz, P.J. / MacArthur, R. / Shen, M. / Tamayo, G. / Inglese, J. / Sherman, D.H.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: Titration-based screening for evaluation of natural product extracts: identification of an aspulvinone family of luciferase inhibitors.
著者: Cruz, P.G. / Auld, D.S. / Schultz, P.J. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / MacArthur, R. / Shen, M. / Tamayo-Castillo, G. / Inglese, J. / Sherman, D.H.
履歴
登録2011年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Database references
改定 1.22012年12月5日Group: Non-polymer description
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Luciferin 4-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2832
ポリマ－60,8191
非ポリマー4651
水5,098283
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.738, 83.738, 96.913
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Luciferin 4-monooxygenase / Luciferase


分子量: 60818.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Photinus pyralis (ホタル) / 参照: UniProt: P08659, firefly luciferase
#2: 化合物 ChemComp-923 / (5Z)-4-hydroxy-3-[(2R)-2-(2-hydroxypropan-2-yl)-2,3-dihydro-1-benzofuran-5-yl]-5-{[(2R)-2-(2-hydroxypropan-2-yl)-2,3-dihydro-1-benzofuran-5-yl]methylidene}furan-2(5H)-one / Aspulvinone J-CR


分子量: 464.507 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H28O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.89 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 25% (v/v) PEG 400, 20% (v/v) PEG 3350, 0.1 M MgCl2, 0.1 M Tris, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→96.91 Å / Num. all: 73404 / Num. obs: 73404 / % possible obs: 99.99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.86 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.7544
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
1.7-1.796.880.862.287336410661100
1.79-1.96.70.513.746777910121100
1.9-2.037.070.296.57672709515100
2.03-2.196.790.1710.32600128837100
2.19-2.46.940.1115.54565798157100
2.4-2.697.020.0821.46519647400100
2.69-3.16.760.0531.2144002650999.98
3.1-3.86.950.0348.0638351551599.95
3.8-5.386.590.0361.0528329429899.96
5.38-96.916.560.0360.4715694239199.93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALACCP4_3.3.16データスケーリング
PHENIXdev_605精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
JDirectorデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3IES

3ies


解像度: 1.7→38.435 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.23 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2179 3695 5.04 %RANDOM
Rwork0.1899 ---
obs0.1913 73350 99.98 %-
all-73350 --
溶媒の処理減衰半径: 0.89 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.247 Å2 / ksol: 0.404 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 75.14 Å2 / Biso mean: 28.3361 Å2 / Biso min: 12.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.2211 Å20 Å2-0 Å2
2--3.2211 Å20 Å2
3----6.4423 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→38.435 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3331 0 34 283 3648
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013482
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.364747
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081533
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006609
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8991264
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs
1.7-1.72240.35021440.3144265027942650
1.7224-1.7460.36231390.3076267228112672
1.746-1.77090.29411540.2779264828022648
1.7709-1.79730.311450.2483267528202675
1.7973-1.82540.29081330.2504269728302697
1.8254-1.85540.27671430.2178265728002657
1.8554-1.88730.23581220.2162269228142692
1.8873-1.92170.23811430.1976265728002657
1.9217-1.95860.22881450.2022267128162671
1.9586-1.99860.21451470.1828266628132666
1.9986-2.04210.23051580.183267828362678
2.0421-2.08960.21831440.1771266428082664
2.0896-2.14180.18631400.1708265327932653
2.1418-2.19970.22021720.1728266928412669
2.1997-2.26440.2081350.1711268428192684
2.2644-2.33750.21051210.1695268028012680
2.3375-2.4210.22021370.1658268528222685
2.421-2.5180.1981350.174269828332698
2.518-2.63250.2061480.1707266428122664
2.6325-2.77130.20781440.1679268328272683
2.7713-2.94490.20681380.1773267528132675
2.9449-3.17210.21521300.1811271528452715
3.1721-3.49120.21061530.1991268328362683
3.4912-3.99590.20291490.1762268328322683
3.9959-5.03260.19881320.1738270528372705
5.0326-38.44520.22021440.2276275128952751

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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