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- PDB-3rgn: Crystal structure of spin-labeled BtuB W371R1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rgn
タイトルCrystal structure of spin-labeled BtuB W371R1
要素Vitamin B12 transporter BtuB
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Beta-barrel (Βバレル) / Receptor / Transporter (運搬体タンパク質) / Cobalamins / TonB / Outer Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type vitamin B12 transporter activity / cobalamin transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / porin activity / transmembrane transporter complex / pore complex / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane / protein domain specific binding / calcium ion binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
TonB-dependent vitamin B12 transporter BtuB / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / TonB-dependent receptor, plug domain / Maltoporin; Chain A / TonB box, conserved site / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. ...TonB-dependent vitamin B12 transporter BtuB / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / TonB-dependent receptor, plug domain / Maltoporin; Chain A / TonB box, conserved site / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / TonB-dependent Receptor Plug Domain / Beta Complex / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MTN / Vitamin B12 transporter BtuB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Freed, D.M. / Horanyi, P.S. / Wiener, M.C. / Cafiso, D.S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Molecular Origin of Electron Paramagnetic Resonance Line Shapes on β-Barrel Membrane Proteins: The Local Solvation Environment Modulates Spin-Label Configuration
著者: Freed, D.M. / Khan, A.K. / Horanyi, P.S. / Cafiso, D.S.
履歴
登録2011年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin B12 transporter BtuB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,78512
ポリマ－66,3031
非ポリマー2,48211
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.681, 81.681, 227.148
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Vitamin B12 transporter BtuB / Cobalamin receptor / Outer membrane cobalamin translocator


分子量: 66303.109 Da / 分子数: 1 / 変異: W371R1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: btuB, bfe, cer, dcrC, b3966, JW3938 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: P06129
#2: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-MTN / S-[(1-oxyl-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl)methyl] methanesulfonothioate / MTSL / MTSL


分子量: 264.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18NO3S2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.72 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 3.0% PEG3350, 200 mM magnesium acetate, 10 mM C8E4, 20 mM Bis Tris pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月14日
放射モノクロメーター: Si 111. Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 37950 / Num. obs: 37950 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.105
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / % possible all: 76

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345SERGUIデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→33.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 11.183 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24981 1911 5 %RANDOM
Rwork0.22004 ---
all0.257 35973 --
obs0.22156 35973 95.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.254 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.01 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→33.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4320 0 162 130 4612
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0214575
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023117
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9531.9546170
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg13.0017520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0485545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.36523.839224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.21315668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1281529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2645
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025070
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02976
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1071.52696
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2741.51146
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.07124321
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.16231879
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0384.51849
LS精密化 シェル解像度: 2.304→2.363 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 123 -
Rwork0.406 2007 -
obs--74.04 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.879-0.28750.09661.87020.31631.8671-0.1292-0.1647-0.16520.24390.10690.13330.2197-0.04940.02230.05760.04140.01530.3821-0.0480.1894-22.672227.081-24.8395
21.412-0.2037-0.1450.91870.12341.096-0.1259-0.2188-0.08980.22310.12120.02860.15830.00980.00470.0770.0538-0.00630.3632-0.07450.1352-22.687229.2537-22.4384
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 135
2X-RAY DIFFRACTION2A137 - 594

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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