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万見
- PDB-3rb6: Dpo4 extension ternary complex with 3'-terminal primer A base opp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rb6
タイトルDpo4 extension ternary complex with 3'-terminal primer A base opposite the 3-methylcytosine (m3c) lesion
要素
  • DNA (5'-D(*C*CP*TP*AP*AP*CP*(ME6)P*CP*TP*AP*CP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*(2DA))-3')
  • DNA polymerase IV
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA DAMAGE (DNA修復) / DNA REPAIR (DNA修復) / DNA REPLICATION (DNA複製) / DNA-BINDING / DNA-DIRECTED DNA POLYMERASE (DNAポリメラーゼ) / MAGNESIUM (マグネシウム) / METAL-BINDING / MUTATOR PROTEIN / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-DNA COMPLEX / Lesion bypass / DNA polymerase (DNAポリメラーゼ) / Y-family polymerase / dNTP-binding / 3-methylcytosine
機能・相同性
機能・相同性情報


error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / magnesium ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily ...DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA polymerase IV
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Rechkoblit, O. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Implications for damage recognition during Dpo4-mediated mutagenic bypass of m1G and m3C lesions.
著者: Rechkoblit, O. / Delaney, J.C. / Essigmann, J.M. / Patel, D.J.
履歴
登録2011年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase IV
D: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*(2DA))-3')
E: DNA (5'-D(*C*CP*TP*AP*AP*CP*(ME6)P*CP*TP*AP*CP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*CP*C)-3')
B: DNA polymerase IV
H: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*(2DA))-3')
J: DNA (5'-D(*C*CP*TP*AP*AP*CP*(ME6)P*CP*TP*AP*CP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,41115
ポリマ－97,9186
非ポリマー1,4939
水1,04558
1
A: DNA polymerase IV
D: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*(2DA))-3')
E: DNA (5'-D(*C*CP*TP*AP*AP*CP*(ME6)P*CP*TP*AP*CP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8258
ポリマ－48,9593
非ポリマー8665
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6960 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area20140 Å2
手法PISA
2
B: DNA polymerase IV
H: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*(2DA))-3')
J: DNA (5'-D(*C*CP*TP*AP*AP*CP*(ME6)P*CP*TP*AP*CP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5867
ポリマ－48,9593
非ポリマー6274
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area19600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.915, 109.328, 100.828
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.07, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA polymerase IV / / Pol IV


分子量: 38945.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 遺伝子: dbh, dpo4, SSO2448 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL Codon plus / 参照: UniProt: Q97W02, DNAポリメラーゼ

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 DHEJ

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*(2DA))-3')


分子量: 4070.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*C*CP*TP*AP*AP*CP*(ME6)P*CP*TP*AP*CP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*CP*C)-3')


分子量: 5942.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic

-
非ポリマー , 4種, 67分子

#4: 化合物 ChemComp-DGT / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / dGTP / デオキシグアノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM HEPES, pH 7.0, 100 mM calcium acetate and 10% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月20日
放射モノクロメーター: Kohzu HLD8-24 monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 30903 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.7→2.79 Å / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.6.0107精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RB4

3rb4


解像度: 2.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 29.386 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.004 / ESU R Free: 0.329 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24722 1531 5 %RANDOM
Rwork0.20273 ---
obs0.205 28877 98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 86.032 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.42 Å20 Å23.25 Å2
2--1.48 Å20 Å2
3---2.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5480 1073 83 58 6694
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.026859
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4381.9079427
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2255680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.08623.636242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.151151120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2231548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1410.21030
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214607
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 117 -
Rwork0.316 2000 -
obs--95.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5753-1.1769-0.63581.69630.2881.5112-0.0924-0.2529-0.00510.12120.1380.08210.02090.2197-0.04560.0935-0.00240.02570.0460.01770.199612.72251.60452.3048
23.17150.6053-1.07351.8011-1.59935.92830.0844-0.6309-0.40790.3574-0.2088-0.1442-0.26390.12830.12440.5059-0.0818-0.01370.62930.06020.2911-7.125556.408639.5118
32.1325-0.9849-1.37612.29970.07972.5625-0.4128-0.9763-0.11720.65590.3282-0.00660.12910.76480.08470.28210.1491-0.07160.4940.0880.204422.1102-6.385612.182
44.5903-0.6167-4.3024.5531-2.82897.8144-0.4823-1.2118-1.03130.4881-0.5806-0.95940.6921.24531.06290.5994-0.0247-0.33821.16390.55991.02390.206346.406943.9145
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 341
2X-RAY DIFFRACTION2B1001 - 1341
3X-RAY DIFFRACTION3D802 - 814
4X-RAY DIFFRACTION3E901 - 919
5X-RAY DIFFRACTION3A414
6X-RAY DIFFRACTION4H1805 - 1814
7X-RAY DIFFRACTION4J1905 - 1915
8X-RAY DIFFRACTION4B1414

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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