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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3r7n | ||||||
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タイトル | Caspase-2 bound with two copies of Ac-DVAD-CHO | ||||||
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![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tang, Y. / Wells, J. / Arkin, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and enzymatic insights into caspase-2 protein substrate recognition and catalysis. 著者: Tang, Y. / Wells, J.A. / Arkin, M.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 113.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 92.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 18093.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P42575, ![]() #2: タンパク質 | ![]() 分子量: 12921.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P42575, ![]() #3: タンパク質・ペプチド | #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 構成要素の詳細 | THERE ARE NO LINKS BETWEEN CYS 320 AND CHAINS E,F | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.23 % |
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結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M HEPES, 15% PEG 3350, 3mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月10日 |
放射 | モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.32→50 Å / Num. all: 26321 / Num. obs: 26321 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 |
反射 シェル | 解像度: 2.32→2.36 Å / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.814 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.33→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.33→2.388 Å / Total num. of bins used: 20
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