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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qxo | ||||||
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タイトル | CDK2 in complex with inhibitor KVR-1-84 | ||||||
![]() | Cyclin-dependent kinase 2![]() | ||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Betzi, S. / Alam, R. / Han, H. / Becker, A. / Schonbrunn, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-guided optimization of novel CDK2 inhibitors discovered by high-throughput screening 著者: Schonbrunn, E. / Becker, A. / Betzi, S. / Alam, R. / Han, H. / Rawle, F. / Katta, V. / Jakkaraj, J. / Chakrasali, R. / Neelam, S. / Hook, D. / Tash, J. / Georg, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 79 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 57.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3ql8C ![]() 3qqfC ![]() 3qqgC ![]() 3qqhC ![]() 3qqjC ![]() 3qqlC ![]() 3qrtC ![]() 3qruC ![]() 3qwjC ![]() 3qwkC ![]() 3qx2C ![]() 3qx4C ![]() 3qzfC ![]() 3qzgC ![]() 3qzhC ![]() 3qziC ![]() 3r1qC ![]() 3r1sC ![]() 3r1yC ![]() 3r28C ![]() 3r6xC ![]() 3r71C ![]() 3r73C ![]() 3r7eC ![]() 3r7iC ![]() 3r7uC ![]() 3r7vC ![]() 3r7yC ![]() 3r83C ![]() 3r8lC ![]() 3r8mC ![]() 3r8pC ![]() 3raiC ![]() 3rm6C ![]() 3rm7C ![]() 3royC ![]() 3rpoC ![]() 1pw2S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 34761.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P24941, ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-EDO / ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-X65 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.73 % |
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結晶化![]() | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5 mg/mL CDK2 protein, 3 mM inhibitor, 15% v/v PEG3350, 50 mM HEPES/NaOH, 50 mM Na/K phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月28日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.75→20 Å / Num. all: 28872 / Num. obs: 28872 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.96 % / Biso Wilson estimate: 18.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 27.01 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 6.69 % / Rmerge(I) obs: 0.241 / Mean I/σ(I) obs: 9.25 / Num. unique all: 2314 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1PW2 解像度: 1.75→18.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1443524.86 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.6421 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→18.77 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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