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万見
- PDB-3qvd: Exposure of rubrerythrin from Pyrococcus furiosus to peroxide, fi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qvd
タイトルExposure of rubrerythrin from Pyrococcus furiosus to peroxide, fifteen second time point.
要素Rubrerythrin
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Rubrerythrin / Peroxide reduction / removal of reactive oxygen species
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Rubrerythrin, rubredoxin-like domain / Rubrerythrin, diiron-binding domain / Rubrerythrin / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / フェリチン ...: / Rubrerythrin, rubredoxin-like domain / Rubrerythrin, diiron-binding domain / Rubrerythrin / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / フェリチン / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin-like / Single Sheet / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / 過酸化水素 / Rubrerythrin
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Dillard, B.D. / Demick, J.M. / Adams, M.W.W. / Lanzilotta, W.N.
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2011
タイトル: A cryo-crystallographic time course for peroxide reduction by rubrerythrin from Pyrococcus furiosus.
著者: Dillard, B.D. / Demick, J.M. / Adams, M.W. / Lanzilotta, W.N.
履歴
登録2011年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月10日Group: Database references
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rubrerythrin
B: Rubrerythrin
C: Rubrerythrin
D: Rubrerythrin
E: Rubrerythrin
F: Rubrerythrin
G: Rubrerythrin
H: Rubrerythrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,88640
ポリマ－155,1878
非ポリマー1,70032
水6,269348
1
A: Rubrerythrin
B: Rubrerythrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,22210
ポリマ－38,7972
非ポリマー4258
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9150 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area15120 Å2
手法PISA
2
C: Rubrerythrin
D: Rubrerythrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,22210
ポリマ－38,7972
非ポリマー4258
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9140 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area15100 Å2
手法PISA
3
E: Rubrerythrin
F: Rubrerythrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,22210
ポリマ－38,7972
非ポリマー4258
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9140 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area15110 Å2
手法PISA
4
G: Rubrerythrin
H: Rubrerythrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,22210
ポリマ－38,7972
非ポリマー4258
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9180 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area15100 Å2
手法PISA
5
A: Rubrerythrin
B: Rubrerythrin
G: Rubrerythrin
H: Rubrerythrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,44320
ポリマ－77,5934
非ポリマー85016
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21550 Å2
ΔGint-292 kcal/mol
Surface area27000 Å2
手法PISA
6
C: Rubrerythrin
D: Rubrerythrin
E: Rubrerythrin
F: Rubrerythrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,44320
ポリマ－77,5934
非ポリマー85016
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21540 Å2
ΔGint-293 kcal/mol
Surface area26950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.589, 104.458, 104.512
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Rubrerythrin /


分子量: 19398.340 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
参照: UniProt: Q9UWP7
#2: 化合物
ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE / 過酸化水素


分子量: 34.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O2
#3: 化合物...
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: capillary batch / pH: 7.2
詳細: Performed in an anaerobic chamber with less than 1 ppm oxygen at all times. 0.02 M TRIS, 30% PEG 2K MME, pH 7.2, Capillary batch, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 115 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 115349 / Num. obs: 111550 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 26.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 21.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→46.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 220179.79 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 5629 5 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.211 111550 96.7 %-
all-115349 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 68.5632 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.12 Å20 Å20.01 Å2
2---5.76 Å20 Å2
3----5.36 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.1 Å-0.02 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→46.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10904 0 36 348 11288
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.69
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.231.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.782
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.252
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.392.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 932 5.3 %
Rwork0.221 16708 -
obs--92.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ligand.paramligand.top
X-RAY DIFFRACTION5feo.paramfeo.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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