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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qu4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of pyrophosphatase from bacteroides thetaiotaomicron, asp13ala mutant | ||||||
![]() | INORGANIC PYROPHOSPHATASE![]() | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Patskovsky, Y. / Huang, H. / Toro, R. / Gerlt, J.A. / Burley, S.K. / Dunaway-Mariano, D. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) / Enzyme Function Initiative (EFI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Divergence of Structure and Function in the Haloacid Dehalogenase Enzyme Superfamily: Bacteroides thetaiotaomicron BT2127 Is an Inorganic Pyrophosphatase. 著者: Huang, H. / Patskovsky, Y. / Toro, R. / Farelli, J.D. / Pandya, C. / Almo, S.C. / Allen, K.N. / Dunaway-Mariano, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 380.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 308.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3qu2SC ![]() 3qu5C ![]() 3qu7C ![]() 3qu9C ![]() 3qubC ![]() 3qucC ![]() 3quqC ![]() 3qutC ![]() 3qx7C ![]() 3qxgC ![]() 3qypC ![]() 3r9kC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 4 - 220 / Label seq-ID: 23 - 239
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 26963.863 Da / 分子数: 8 / 変異: D13A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: BT_2127 / 参照: UniProt: Q8A5V9, ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ![]() #4: 化合物 | ChemComp-CL / ![]() #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.95 % |
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結晶化![]() | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1M MES, PH 6.0, 20% PEG8000, 200MM CALCIUM ACETATE, 5MM MAGNESIUM CHLORIDE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年9月30日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 133986 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 30.3 Å2 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 4.5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / % possible all: 83.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3QU2 解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 7.775 / SU ML: 0.198 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.278 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.214 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 1547 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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