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- PDB-3qsg: Crystal structure of NAD-binding phosphogluconate dehydrogenase-l... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qsg
タイトルCrystal structure of NAD-binding phosphogluconate dehydrogenase-like protein from Alicyclobacillus acidocaldarius
要素NAD-binding phosphogluconate dehydrogenase-like protein
キーワードStructural genomics (構造ゲノミクス) / Unknown function / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Rossmann-fold NAD-binding proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding, putative, C-terminal / Domain of unknown function (DUF1932) / Pyrroline-5-carboxylate reductase, catalytic, N-terminal / NADP oxidoreductase coenzyme F420-dependent / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily ...Phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding, putative, C-terminal / Domain of unknown function (DUF1932) / Pyrroline-5-carboxylate reductase, catalytic, N-terminal / NADP oxidoreductase coenzyme F420-dependent / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NAD-binding phsophogluconase dehydrogenase-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Michalska, K. / Wu, R. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of NAD-binding phosphogluconate dehydrogenase-like protein from Alicyclobacillus acidocaldarius
著者: Michalska, K. / Wu, R. / Bearden, J. / Joachimiak, A.
履歴
登録2011年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-binding phosphogluconate dehydrogenase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5653
ポリマ－33,4941
非ポリマー712
水1,33374
1
A: NAD-binding phosphogluconate dehydrogenase-like protein
ヘテロ分子

A: NAD-binding phosphogluconate dehydrogenase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1306
ポリマ－66,9882
非ポリマー1424
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area5510 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area22820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.838, 61.005, 50.068
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.16, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質 NAD-binding phosphogluconate dehydrogenase-like protein


分子量: 33494.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius (バクテリア)
株: DSM 446 / 遺伝子: Aaci_1610 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: C8WX00
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.83 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 12% PEG6K, 2 M NaCl, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 25141 / Num. obs: 25034 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 35.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 25.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.421 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX精密化
BUSTER2.8.0精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: different crystal form of the same protein (solved by SAD)

解像度: 1.9→21.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9518 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9454 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 1271 5.08 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.1859 25015 --
all-25015 --
原子変位パラメータBiso mean: 49.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.6729 Å20 Å2-1.5544 Å2
2--4.485 Å20 Å2
3----8.1579 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.275 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→21.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2095 0 2 74 2171
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0122146HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.092911HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d734SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes44HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes332HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2146HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.3
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.47
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion276SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2521SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.98 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2286 128 4.61 %
Rwork0.1985 2650 -
all0.1998 2778 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2555-2.18592.62650.7054-1.38935.2078-0.0057-0.29650.03620.7017-0.0729-0.28010.07570.2380.07860.1064-0.0008-0.1724-0.1910.00820.024531.274816.234915.9574
24.74232.19783.32143.4903-0.07526.27130.0027-0.67810.09170.567-0.0274-0.3467-0.06750.27970.0247-0.07050.0057-0.3045-0.304-0.01950.11835.253523.819619.709
32.173-0.60670.14785.446-0.23171.3652-0.0584-0.00760.02210.2276-0.0413-0.4949-0.0860.04280.0997-0.1597-0.0041-0.0232-0.15010.00180.111130.474621.182.7378
46.206-0.947-1.751800.5941.4625-0.1276-0.6445-0.70110.11760.02890.01330.15380.13970.0987-0.0620.0154-0.007-0.09060.08070.0786-0.701616.60326.1986
55.7110.0867-2.31430.4630.49742.11950.2346-0.68710.42740.1466-0.0018-0.1448-0.12710.26-0.2328-0.1685-0.0254-0.0116-0.0797-0.04770.0066.341330.08275.6762
6-0.2369-3.1057-0.35280.595-0.09053.16040.0178-0.3369-0.06190.3546-0.14480.04670.2002-0.13150.127-0.1183-0.0813-0.04520.13510.0746-0.2986-6.208321.38119.991
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|1 - A|23}A1 - 23
2X-RAY DIFFRACTION2{A|24 - A|61}A24 - 61
3X-RAY DIFFRACTION3{A|62 - A|163}A62 - 163
4X-RAY DIFFRACTION4{A|164 - A|224}A164 - 224
5X-RAY DIFFRACTION5{A|231 - A|271}A231 - 271
6X-RAY DIFFRACTION6{A|274 - A|285}A274 - 285

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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