[English] 日本語
Yorodumi- PDB-3qr3: Crystal Structure of Cel5A (EG2) from Hypocrea jecorina (Trichode... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3qr3 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of Cel5A (EG2) from Hypocrea jecorina (Trichoderma reesei) | ||||||
Components | Endoglucanase EG-II | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Tim Barrel / Endoglucanase | ||||||
Function / homology | Function and homology information cellulose binding / cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Hypocrea jecorina (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.05 Å | ||||||
Authors | Lee, T.M. / Farrow, M.F. / Kaiser, J.T. / Arnold, F.H. / Mayo, S.L. | ||||||
Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2011 Title: A structural study of Hypocrea jecorina Cel5A. Authors: Lee, T.M. / Farrow, M.F. / Arnold, F.H. / Mayo, S.L. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3qr3.cif.gz | 144.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb3qr3.ent.gz | 119.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3qr3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/3qr3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/3qr3 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Similar structure data |
---|
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Details | BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN AS PER AUTHORS |
-Components
#1: Protein | Mass: 36589.031 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: CATALYTIC DOMAIN Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Hypocrea jecorina (fungus) / Gene: Cel5A, egl2 / Plasmid: pET22b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: P07982, cellulase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 42.95 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 Details: 0.1 M Sodium citrate, 1 M Magnesium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 293.15 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 1.0332 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 14, 2011 / Details: Rh coated mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Liquid nitrogen-cooled double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.05→39.77 Å / Num. all: 40013 / Num. obs: 40013 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 12.5 % / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 19.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Resolution: 2.05→39.767 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.41 / Phase error: 26.7 / Stereochemistry target values: ML / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.326 Å2 / ksol: 0.368 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→39.767 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
|