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Yorodumi- PDB-3qol: Crystal structure of Staphylococcal nuclease variant D+PHS/V23E a... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3qol | ||||||
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Title | Crystal structure of Staphylococcal nuclease variant D+PHS/V23E at pH 6 determined at 100 K | ||||||
Components | ThermonucleaseMicrococcal nuclease | ||||||
Keywords | HYDROLASE / hyperstable / nuclease / pdTp | ||||||
Function / homology | Function and homology information endonuclease activity, active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and producing 3'-phosphomonoesters / micrococcal nuclease / nucleic acid binding / extracellular region / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Robinson, A. / Schlessman, J.L. / Garcia-Moreno, E.B. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2014 Title: Structural and thermodynamic consequences of burial of an artificial ion pair in the hydrophobic interior of a protein. Authors: Robinson, A.C. / Castaneda, C.A. / Schlessman, J.L. / Garcia-Moreno E, B. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3qol.cif.gz | 72.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3qol.ent.gz | 52.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3qol.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/3qol ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/3qol | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3nhhC 3bdcS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16173.447 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: DELETION UNP RESIDUES 126-131 / Mutation: V23E,G50F,V51N,P117G,H124L,S128A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) / Gene: nuc / Plasmid: pET24a+ / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) References: UniProt: P00644, UniProt: Q8NXI6*PLUS, micrococcal nuclease |
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#2: Chemical | ChemComp-CA / |
#3: Chemical | ChemComp-THP / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.47 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / pH: 6 Details: 22% MPD, 25 mM Potassium Phosphate, pdTp, CaCl2, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SEALED TUBE / Wavelength: 1.5418 |
Detector | Type: APEX II CCD / Detector: CCD / Date: Dec 14, 2009 / Details: MULTI-LAYER OPTICS |
Radiation | Monochromator: GE111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→37.51 Å / Num. obs: 11002 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 12.13 % / Biso Wilson estimate: 29.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0365 / Net I/σ(I): 41.19 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.94 Å / Redundancy: 5.21 % / Rmerge(I) obs: 0.2139 / Mean I/σ(I) obs: 5.68 / % possible all: 99.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3BDC WITH NON-PROTEIN ATOMS REMOVED, B-FACTORS SET TO 20 AND RESIDUES 23,113-116 CHANGED TO ALA Resolution: 1.9→37.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 6.44 / SU ML: 0.108 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.144 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41.46 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→37.51 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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