+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3qky | ||||||
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Title | Crystal structure of Rhodothermus marinus BamD | ||||||
Components | Outer membrane assembly lipoprotein YfiO | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / outer membrane | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / Tetratricopeptide repeat / Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane lipoprotein BamD-like / Outer membrane lipoprotein / Tetratricopeptide repeat domain / TPR repeat region circular profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat ...: / Tetratricopeptide repeat / Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane lipoprotein BamD-like / Outer membrane lipoprotein / Tetratricopeptide repeat domain / TPR repeat region circular profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | Rhodothermus marinus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.15 Å | ||||||
Authors | Sandoval, C.M. / Baker, S.L. / Jansen, K. / Metzner, S.I. / Sousa, M.C. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2011 Title: Crystal structure of BamD: an essential component of the beta-Barrel assembly machinery of gram-negative bacteria. Authors: Sandoval, C.M. / Baker, S.L. / Jansen, K. / Metzner, S.I. / Sousa, M.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3qky.cif.gz | 119.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3qky.ent.gz | 95.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3qky.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/3qky ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/3qky | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 30879.482 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Residues 24-280 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodothermus marinus (bacteria) / Strain: ATCC 43812/DSM 4252/R-10 / Gene: Rmar_0679 / References: UniProt: D0MFQ0 |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.16 Å3/Da / Density % sol: 61.13 % |
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-Data collection
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.1 / Wavelength: 1 Å |
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Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.15→42 Å / Num. obs: 20524 |
-Processing
Software | Name: PHENIX / Version: (phenix.refine: 1.6.4_486) / Classification: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Highest resolution: 2.15 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.99 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.72 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.338 Å2 / ksol: 0.409 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Highest resolution: 2.15 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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