PDB-3qit: Thioesterase Domain From Curacin Biosynthetic Pathway

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qit

タイトル

Thioesterase Domain From Curacin Biosynthetic Pathway

要素

Polyketide synthase

ポリケチド合成酵素

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Thioesterase (チオエステル加水分解酵素) /

Alpha/Beta Hydrolase /

Decarboxylase (脱炭酸酵素) / Sulfate elimination / Terminal Alkene Production

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphopantetheine binding /

transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Lyngbya majuscula 19L (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Gehret, J.J. / Smith, J.L.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Terminal Alkene Formation by the Thioesterase of Curacin A Biosynthesis: STRUCTURE OF A DECARBOXYLATING THIOESTERASE.
著者: Gehret, J.J. / Gu, L. / Gerwick, W.H. / Wipf, P. / Sherman, D.H. / Smith, J.L.

履歴

登録	2011年1月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3qit.ent.gz	403.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/3qit ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/3qit	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	5vim-d 7k13-2 7kqt-d 4ign-2 4ofc-4 1kgn-1 4ih3-3 4erg-d 5d8m-2 4igm-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (15) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (15)
#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (3)
#165 - 2013年9月
人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages)
類似性 (3)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (2)
#239 - 2019年11月
ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Polyketide synthase

B: Polyketide synthase

C: Polyketide synthase

D: Polyketide synthase

126 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Polyketide synthase

B: Polyketide synthase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Polyketide synthase

D: Polyketide synthase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	74.560, 86.911, 87.592
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.77, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Polyketide synthase / ポリケチド合成酵素 / CurM TE 分子量: 31379.043 Da / 分子数: 4 / 断片: Thioesterase domain (UNP residues 1929-2211) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lyngbya majuscula 19L (バクテリア) 遺伝子: curM / プラスミド: pMOCR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: D0E8E2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Polyketide synthase /

ポリケチド合成酵素 / CurM TE

分子量: 31379.043 Da / 分子数: 4 / 断片: Thioesterase domain (UNP residues 1929-2211) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Lyngbya majuscula 19L (バクテリア)
遺伝子: curM / プラスミド: pMOCR / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: D0E8E2,

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.6 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: 27% PEG3350, 0.1 M Tris, 0.2 M sodium chloride, 2.5% glycerol, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月6日詳細: K-B PAIR OF BIOMORPH MIRRORS FOR VERTICAL AND HORIZONTAL FOCUSING
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→50 Å / Num. all: 114584 / Num. obs: 114584 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 25.1 Å² / R_sym value: 0.059 / Net I/σ(I): 18.1
反射シェル	解像度: 1.68→1.74 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / R_sym value: 0.384 / % possible all: 49.8

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.68→39.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 4.456 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2085	5806	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16418	-	-	-
all	0.16643	108718	-	-
obs	0.16643	108718	90.24 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.76 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.47 Å²	0 Å²	0.1 Å²
2-	-	-0.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→39.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8617	0	0	1203	9820

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	9035
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.268	1.976	12347
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.082	5	1194
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.331	24.324	370
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.306	15	1587
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.492	15	55
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	1447
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	6759
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.551	3.5	5707
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.791	5	9268
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.504	3.5	3328
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.134	5	3035

LS精密化シェル

解像度: 1.681→1.725 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.373	233	-
R_work	0.358	4163	-
obs	-	-	47.12 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5394	-0.202	-0.1284	0.7621	0.1366	0.6644	-0.0143	0.0189	-0.0443	-0.0078	-0.0134	0.1085	0.04	-0.0932	0.0277	0.0084	-0.0064	0.0097	0.0188	0.0013	0.0399	31.7854	44.2163	42.5338
2	2.612	0.0413	1.7011	0.725	0.0832	2.2491	-0.0394	0.1082	0.1131	-0.0075	-0.0145	0.0367	-0.1861	0.0375	0.0538	0.032	0.0062	0.0036	0.007	0.0037	0.0436	31.9143	59.649	41.4239
3	1.325	2.8943	-1.9615	6.9453	-4.2335	3.8957	0.0334	0.0677	-0.0191	0.1355	0.0019	0.1437	-0.2378	0.1833	-0.0353	0.0459	-0.0688	0.024	0.1407	-0.047	0.0813	59.3023	50.4065	38.3809
4	0.544	-0.2767	0.3242	1.1532	-0.2503	0.5062	-0.0405	-0.0042	-0.0324	0.1142	0.0298	-0.0948	-0.014	-0.0028	0.0107	0.0307	-0.0032	-0.0028	0.0115	0.0057	0.0272	45.5583	42.2115	51.8337
5	0.4309	-0.1497	-0.0833	1.4207	-0.1078	0.2981	-0.0353	-0.0402	0.0895	0.1271	0.0216	0.004	-0.0931	-0.0264	0.0137	0.05	0.0203	-0.0093	0.0157	-0.0065	0.0297	32.9049	62.5537	52.3592
6	0.7576	0.3815	-0.1978	0.7586	-0.1584	0.5809	0.0543	-0.0264	0.0022	0.0339	-0.0517	-0.0763	0.0385	0.0779	-0.0026	0.0112	0.0104	0.0035	0.0484	0.0067	0.038	61.2606	46.6757	18.0805
7	0.9334	-0.5639	-0.6254	3.057	1.541	0.9172	0.0929	-0.0039	-0.0547	-0.0731	-0.0159	-0.232	-0.0724	-0.0073	-0.077	0.0834	0.0407	0.0043	0.0254	0.0131	0.0464	36.0043	58.7306	24.4202
8	1.3447	0.2435	0.2814	0.7269	-0.5516	1.2264	0.0383	0.0694	-0.0093	-0.1053	-0.002	0.1001	0.0531	0.0891	-0.0363	0.0375	0.0203	-0.0282	0.0429	-0.0081	0.0249	45.9047	44.1687	3.9724
9	48.4866	20.9473	18.4983	9.8699	8.8581	7.9758	0.4611	0.7577	-0.7833	0.7407	0.0351	-0.4409	0.7469	0.0319	-0.4962	0.6472	-0.0196	-0.2098	0.1375	-0.0428	0.6154	47.5067	58.1657	23.9936
10	1.0325	0.6185	-0.1	2.3958	0.356	1.3551	0.0588	0.0287	0.2257	-0.0904	0.0018	0.0457	-0.2608	0.049	-0.0606	0.0539	-0.0026	0.0269	0.0262	0.029	0.0766	63.5066	64.5132	13.4296
11	2.1032	-0.9872	2.2907	0.4911	-0.947	6.604	-0.3643	0.158	0.4225	0.1954	-0.057	-0.1994	-0.4691	0.1708	0.4213	0.1557	0.0174	-0.1227	0.0346	0.0101	0.1258	81.3702	24.9068	24.6483
12	1.5274	-0.669	1.0652	0.4777	-0.7349	1.2223	-0.1481	-0.0661	-0.0439	0.0706	0.1006	0.0098	-0.1199	-0.1141	0.0475	0.0489	0.0364	-0.0266	0.0695	-0.0027	0.0632	78.614	12.3231	25.9396
13	1.3661	0.4402	-0.6661	1.3892	0.0313	0.3741	-0.046	-0.0809	0.1545	0.3041	0.0922	0.1717	0.0755	0.0505	-0.0462	0.241	0.1987	-0.0086	0.2011	-0.0521	0.0677	66.9679	22.7475	39.56
14	31.7735	11.2958	8.9114	31.7484	9.9179	47.0457	1.3572	-2.0403	0.3033	1.2473	-0.3903	0.2821	-0.9314	-0.762	-0.9669	0.4756	-0.1302	0.1658	0.4612	0.0701	0.2766	61.69	12.1354	28.6437
15	1.132	-0.7759	1.2792	2.9366	-0.609	3.0748	0.0545	-0.2522	-0.3067	0.0295	0.1896	0.2311	0.2038	-0.3534	-0.244	0.0201	-0.0117	-0.007	0.0703	0.0718	0.1233	78.2973	-2.4481	32.4495
16	0.3346	0.3479	0.1446	0.5692	0.191	0.7267	0.03	0.0016	-0.042	0.0325	-0.0016	-0.0163	0.0006	-0.0566	-0.0284	0.0071	0.0139	-0.0059	0.0438	-0.0042	0.0395	51.9207	18.1625	4.0126
17	0.9693	-1.5445	2.9223	5.8951	-4.8159	8.8374	0.1246	-0.0466	-0.0461	0.1295	0.0521	-0.1091	0.3607	-0.1642	-0.1767	0.0655	0.0325	-0.0016	0.1887	-0.0135	0.1216	76.5194	13.8724	4.0091
18	2.7337	0.8862	-0.511	1.2386	0.4219	1.0432	-0.027	0.1035	0.0289	-0.1842	0.0635	-0.148	-0.1075	-0.0446	-0.0365	0.0348	0.0015	0.0287	0.0363	-0.0071	0.0339	64.0754	23.5629	-13.5386
19	4.1675	0.4319	0.3887	0.6966	-1.8567	5.5754	0.0367	-0.042	-0.4212	-0.1043	-0.0254	-0.0635	0.3159	0.1117	-0.0114	0.0543	0.0397	0.0134	0.0824	-0.0445	0.1305	69.3458	19.5334	-1.3224
20	0.9418	0.0514	0.1942	1.114	0.1023	1.1677	0.0349	0.004	-0.1894	-0.0123	0.0723	-0.0694	0.2256	-0.0701	-0.1071	0.0453	-0.0132	-0.0214	0.0192	-0.01	0.0549	48.4224	2.1773	-1.5273

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 106
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	107 - 131
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	134 - 153
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	154 - 220
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	221 - 282
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	-1 - 130
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	131 - 153
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	154 - 204
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	207 - 215
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	216 - 283
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	-1 - 15
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	16 - 146
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	147 - 203
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	204 - 215
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	216 - 282
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	-1 - 138
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	139 - 156
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	157 - 194
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	195 - 206
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	215 - 283

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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