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- PDB-3qf7: The Mre11:Rad50 complex forms an ATP dependent molecular clamp in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qf7
タイトルThe Mre11:Rad50 complex forms an ATP dependent molecular clamp in DNA double-strand break repair
要素
  • Mre11
  • Rad50
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / ABC-ATPase / ATPase (ATPアーゼ) / Mre11
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / double-strand break repair / DNA recombination / DNA複製 / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA修復 / ATP hydrolysis activity / DNA binding ...DNA exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / double-strand break repair / DNA recombination / DNA複製 / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA修復 / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Helix hairpin bin / RAD50, zinc hook / Rad50 zinc-hook domain profile. / Nuclease SbcCD subunit D / SbcC/RAD50-like, Walker B motif / Rad50/SbcC-type AAA domain / AAA domain / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain / Helix hairpin bin domain superfamily / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type ...Helix hairpin bin / RAD50, zinc hook / Rad50 zinc-hook domain profile. / Nuclease SbcCD subunit D / SbcC/RAD50-like, Walker B motif / Rad50/SbcC-type AAA domain / AAA domain / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain / Helix hairpin bin domain superfamily / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / Helix Hairpins / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA double-strand break repair protein Mre11 / Probable DNA double-strand break repair Rad50 ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Moeckel, C. / Lammens, K.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2011
タイトル: The Mre11:Rad50 Structure Shows an ATP-Dependent Molecular Clamp in DNA Double-Strand Break Repair.
著者: Lammens, K. / Bemeleit, D.J. / Moeckel, C. / Clausing, E. / Schele, A. / Hartung, S. / Schiller, C.B. / Lucas, M. / Angermueller, C. / Soeding, J. / Straesser, K. / Hopfner, K.P.
履歴
登録2011年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年7月26日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_detector / entity_src_gen ...diffrn_detector / entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32024年2月21日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rad50
B: Rad50
D: Mre11
C: Mre11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6838
ポリマ－94,6224
非ポリマー1,0614
水8,773487
1
A: Rad50
C: Mre11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8414
ポリマ－47,3112
非ポリマー5312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area18970 Å2
手法PISA
2
B: Rad50
D: Mre11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8414
ポリマ－47,3112
非ポリマー5312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18770 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8840 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area34820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.149, 68.400, 71.111
Angle α, β, γ (deg.)98.64, 111.14, 92.03
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Rad50 /


分子量: 41073.895 Da / 分子数: 2
断片: nucleotide binding domain, UNP residues 1-190 and 686-852
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1X1
#2: タンパク質・ペプチド Mre11 /


分子量: 6237.057 Da / 分子数: 2
断片: C-terminal helix-loop-helix motif, UNP residues 337-379
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1X0
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 487 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CHAINS A AND B HAVE RESIDUES 191-685 DELETED FROM THE SEQUENCE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.95 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20 % PEG 2000MME, 0.2 M Trimethylamine N-oxide, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: diamond sagitally focusing Ge (220) crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→45.63 Å / Num. all: 64744 / Num. obs: 64744 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→36.17 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1907 2006 3.1 %random
Rwork0.157 ---
obs0.1581 64738 96.71 %-
all-64744 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.933 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.9511 Å2-0.4367 Å21.2925 Å2
2--1.1534 Å2-1.2792 Å2
3----3.1045 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→36.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6314 0 64 487 6865
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076657
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0738979
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3022690
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071005
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041146
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.94750.22591310.17454397X-RAY DIFFRACTION96
1.9475-2.00020.20821510.15934440X-RAY DIFFRACTION96
2.0002-2.0590.18651360.15414489X-RAY DIFFRACTION96
2.059-2.12550.181520.15074484X-RAY DIFFRACTION96
2.1255-2.20140.17531360.14244458X-RAY DIFFRACTION97
2.2014-2.28960.18951440.15174483X-RAY DIFFRACTION97
2.2896-2.39370.24491370.15824477X-RAY DIFFRACTION97
2.3937-2.51990.21791510.16554516X-RAY DIFFRACTION97
2.5199-2.67770.21871460.16584495X-RAY DIFFRACTION97
2.6777-2.88440.21371410.16194549X-RAY DIFFRACTION97
2.8844-3.17450.16591440.15784488X-RAY DIFFRACTION98
3.1745-3.63350.17881430.14514550X-RAY DIFFRACTION98
3.6335-4.57640.1441470.13344544X-RAY DIFFRACTION98
4.5764-36.17660.19871470.17354362X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.1384 Å / Origin y: -40.5207 Å / Origin z: 26.7541 Å
111213212223313233
T0.0854 Å2-0.0011 Å2-0.0026 Å2-0.0835 Å2-0.0109 Å2--0.0897 Å2
L0.1871 °2-0.0015 °2-0.0364 °2-0.1589 °2-0.0413 °2--0.1818 °2
S0.0207 Å °0.0041 Å °0.0117 Å °0.0028 Å °0.021 Å °-0.0122 Å °-0.005 Å °-0.0239 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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