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- PDB-3qap: Crystal structure of Natronomonas pharaonis sensory rhodopsin II ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qap
タイトルCrystal structure of Natronomonas pharaonis sensory rhodopsin II in the ground state
要素Sensory rhodopsin-2
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Phototaxis (走光性) / NpHtrII / Membrane (生体膜)
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / monoatomic ion channel activity / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DI-PHYTANYL-GLYCEROL / エイコサン / レチナール / Sensory rhodopsin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Natronomonas pharaonis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Gushchin, I. / Reshetnyak, A. / Borshchevskiy, V. / Ishchenko, A. / Round, E. / Grudinin, S. / Engelhard, M. / Buldt, G. / Gordeliy, V.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Active State of Sensory Rhodopsin II: Structural Determinants for Signal Transfer and Proton Pumping.
著者: Gushchin, I. / Reshetnyak, A. / Borshchevskiy, V. / Ishchenko, A. / Round, E. / Grudinin, S. / Engelhard, M. / Buldt, G. / Gordeliy, V.
履歴
登録2011年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月28日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年2月21日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensory rhodopsin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,44634
ポリマ－25,3691
非ポリマー10,07733
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.990, 128.090, 50.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Sensory rhodopsin-2 / Sensory rhodopsin II / SR-II


分子量: 25368.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Natronomonas pharaonis (古細菌) / 遺伝子: sop2, sopII / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42196
#3: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド / Octyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 4種, 105分子

#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル / レチナール


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#4: 化合物...
ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン / エイコサン


分子量: 282.547 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42
#5: 化合物 ChemComp-L2P / 2,3-DI-PHYTANYL-GLYCEROL / 1,2-DI-1-(3,7,11,15-TETRAMETHYL-HEXADECANE)-SN-GLYCEROL / 1-O,2-O-ビス[(3R,7R,11R)-3,7,11,15-テトラメチルヘキサデシル]-D-グリセロ-ル


分子量: 653.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H88O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.75 %
結晶化温度: 295.5 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.1
詳細: 1M Na/KPi, 0.3M trehalose, pH 5.1, Lipidic cubic phase, temperature 295.5K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→22.11 Å / Num. all: 21333 / Num. obs: 20672 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 4.589 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17306 1107 5.1 %RANDOM
Rwork0.15236 ---
obs0.15343 20672 95.91 %-
all-21333 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.479 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.61 Å20 Å20 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3----0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1633 0 375 73 2081
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0232090
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2482.0812750
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.0495240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.4120.250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.9415258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0411510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2319
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6281.51113
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.99721798
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3313977
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9744.5942
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 103 -
Rwork0.201 1464 -
obs--95.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.87314.1925-0.53686.46971.46866.6613-0.18850.04430.5141-0.16770.21290.3757-0.4246-0.2688-0.02440.05730.039-0.0440.1740.00330.08423.94640.082-6.922
23.11781.60880.61999.0898-3.71694.58160.1224-0.1766-0.2836-0.36650.1190.56170.493-0.4731-0.24150.061-0.0854-0.02850.21830.00750.121-0.46219.419-3.149
32.0395-1.65660.63478.9014-1.01282.46480.08110.0016-0.11480.1351-0.06290.44260.1674-0.3966-0.01810.0202-0.0210.00910.2079-0.00460.02842.61626.7641.116
46.21264.42373.76153.52414.18258.76580.0221-0.19790.4368-0.007-0.20260.26-0.3619-0.25970.18060.38160.0981-0.15090.17750.00980.34098.49947.3264.985
57.3298-1.4426.80830.8355-0.73626.9996-0.33940.08530.4314-0.0739-0.1108-0.0223-0.44850.01030.45020.15390.031-0.00690.2097-0.02930.099510.31840.6034.706
60.8975-1.60910.11049.781.00952.2620.015-0.1807-0.070.2910.02060.16320.3286-0.2358-0.03570.0815-0.0333-0.00070.10890.01610.027310.74221.8066.157
73.6813.15231.337210.300410.968313.18480.1868-0.2831-0.32640.9979-0.2875-0.10691.1901-0.1550.10080.51970.0298-0.02310.0756-0.01740.065317.38212.44814.485
81.00370.8410.2324.8650.02411.88860.00660.00010.06360.2078-0.05880.1465-0.11960.02180.05230.09090.0294-0.00070.1185-0.00040.007219.28535.31612.513
90.08640.67260.34067.62542.85512.22740.0730.0124-0.03440.0662-0.0369-0.1980.27870.2104-0.03620.16720.0502-0.03840.1574-0.01250.079524.24920.9937.705
1010.40211.59071.320417.9186-2.81616.5429-0.01120.0314-0.09360.0052-0.0466-0.05630.44650.19770.05790.22490.02550.00020.0312-0.05110.100117.3374.4590.064
110.77971.00380.33337.56380.6631.88960.0920.0843-0.0353-0.2232-0.0945-0.03810.31240.12330.00250.11380.0457-0.00950.1428-0.01510.036319.2221.155-2.213
121.6839-0.0226-1.00183.6428-0.07330.95530.04430.0210.03960.1214-0.1033-0.1483-0.19940.19040.0590.1807-0.023-0.02660.20580.02110.07922142.619-0.543
131.13590.71730.94313.69390.77172.67820.09730.06290.0186-0.1366-0.08810.15940.138-0.0595-0.00910.02770.0141-0.00230.1238-0.00830.017211.75628.953-5.996
148.5085-7.2591-0.589748.08548.00479.88170.39680.5244-1.4646-0.4106-0.03080.72331.3325-0.3011-0.36610.57290.0163-0.24710.2254-0.13580.34117.3829.541-8.873
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 12
2X-RAY DIFFRACTION2A13 - 35
3X-RAY DIFFRACTION3A36 - 55
4X-RAY DIFFRACTION4A56 - 66
5X-RAY DIFFRACTION5A67 - 73
6X-RAY DIFFRACTION6A74 - 92
7X-RAY DIFFRACTION7A93 - 98
8X-RAY DIFFRACTION8A99 - 126
9X-RAY DIFFRACTION9A127 - 149
10X-RAY DIFFRACTION10A150 - 157
11X-RAY DIFFRACTION11A158 - 175
12X-RAY DIFFRACTION12A176 - 191
13X-RAY DIFFRACTION13A192 - 212
14X-RAY DIFFRACTION14A213 - 219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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