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- PDB-3q7n: The crystal structure of BamB from the BAM complex in spacegroup ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q7n
タイトルThe crystal structure of BamB from the BAM complex in spacegroup P212121
要素Lipoprotein yfgL
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / beta-propeller (Βプロペラドメイン) / BAM complex / outer membrane protein folding / Gram negative (グラム陰性菌) / BamA
機能・相同性
機能・相同性情報


Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Outer membrane protein assembly factor BamB / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / PQQ-like domain / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein assembly factor BamB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.772 Å
データ登録者Noinaj, N. / Fairman, J.W. / Buchanan, S.K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: The Crystal Structure of BamB Suggests Interactions with BamA and Its Role within the BAM Complex.
著者: Noinaj, N. / Fairman, J.W. / Buchanan, S.K.
履歴
登録2011年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoprotein yfgL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4241
ポリマ－40,4241
非ポリマー00
水6,485360
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.004, 69.991, 117.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Lipoprotein yfgL / BamB


分子量: 40423.871 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-392 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: yfgL, b2512, JW2496 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P77774
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.18 M triammonium citrate, 20% PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97957
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97957 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.772→50 Å / Num. all: 33945 / Num. obs: 33945 / % possible obs: 86.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.75 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIXモデル構築
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_572)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3Q7M

3q7m


解像度: 1.772→30.62 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2322 1701 5.01 %random
Rwork0.1965 ---
obs0.1983 33945 84.78 %-
all-33945 --
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 29.629 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.2614 Å20 Å2-0 Å2
2--14.3609 Å2-0 Å2
3----0.4632 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.772→30.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2639 0 0 360 2999
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062688
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0663671
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.856926
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079430
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004477
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7725-1.83580.32581650.31342894X-RAY DIFFRACTION78
1.8358-1.90920.31261220.2972644X-RAY DIFFRACTION70
1.9092-1.9960.35612090.26913411X-RAY DIFFRACTION92
1.996-2.10120.26661960.19713744X-RAY DIFFRACTION99
2.1012-2.23260.23781270.20192955X-RAY DIFFRACTION78
2.2326-2.40470.31181450.22692760X-RAY DIFFRACTION73
2.4047-2.64620.22261880.19473761X-RAY DIFFRACTION99
2.6462-3.0280.24022000.19833826X-RAY DIFFRACTION100
3.028-3.81050.21051490.1772757X-RAY DIFFRACTION72
3.8105-19.83250.17932000.16363492X-RAY DIFFRACTION87
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.4829 Å / Origin y: -14.8735 Å / Origin z: -15.3451 Å
111213212223313233
T0.0873 Å2-0.0084 Å20.0076 Å2-0.1004 Å20.0128 Å2--0.074 Å2
L0.7444 °2-0.0796 °20.1886 °2-0.5528 °20.0103 °2--0.6157 °2
S-0.0018 Å °0.1468 Å °0.015 Å °-0.0475 Å °-0.0036 Å °-0.0031 Å °-0.0466 Å °0.0521 Å °-0.0113 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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