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Yorodumi- PDB-3q5y: V beta/V beta homodimerization-based pre-TCR model suggested by T... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3q5y | ||||||
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Title | V beta/V beta homodimerization-based pre-TCR model suggested by TCR beta crystal structures | ||||||
Components | TCR N15 beta | ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / IG / T cell receptor / antigen peptide/MHC / membrane | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER Function and homology information | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Chen, Q. / Zhang, H. / Wang, J.-H. | ||||||
Citation | Journal: Front Immunol / Year: 2011 Title: A conserved hydrophobic patch on Vbeta domains revealed by TCRbeta chain crystal structures: implications for pre-TCR dimerization Authors: Zhou, B. / Chen, Q. / Mallis, R.J. / Zhang, H. / Liu, J.H. / Reinherz, E.L. / Wang, J.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3q5y.cif.gz | 399.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3q5y.ent.gz | 341.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3q5y.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/3q5y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/3q5y | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 27425.729 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Plasmid: pET-11d / Production host: Escherichia coli (E. coli) #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.99 Å3/Da / Density % sol: 58.92 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 20 % PEG 3350, 100 mM HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.9794 Å |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→20 Å / Num. all: 98361 / Num. obs: 97771 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.605 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 97 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 5.93 / SU ML: 0.079 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.127 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.783 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.904→1.953 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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