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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3q33 | ||||||
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タイトル | Structure of the Rtt109-AcCoA/Vps75 Complex and Implications for Chaperone-Mediated Histone Acetylation | ||||||
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機能・相同性 | ![]() histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H3K56 acetyltransferase activity / sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / H3 histone acetyltransferase complex / DNA replication-dependent chromatin disassembly / histone H3K14 acetyltransferase activity / regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / histone H3K9 acetyltransferase activity / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex ...histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H3K56 acetyltransferase activity / sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / H3 histone acetyltransferase complex / DNA replication-dependent chromatin disassembly / histone H3K14 acetyltransferase activity / regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / histone H3K9 acetyltransferase activity / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / maintenance of rDNA / acetyltransferase activator activity / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / retrotransposon silencing / histone H3 acetyltransferase activity / replication fork protection complex / histone H3K27 acetyltransferase activity / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / rRNA transcription / CENP-A containing nucleosome / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() synthetic (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tang, Y. / Yuan, H. / Meeth, K. / Marmorstein, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the Rtt109-AcCoA/Vps75 Complex and Implications for Chaperone-Mediated Histone Acetylation. 著者: Tang, Y. / Holbert, M.A. / Delgoshaie, N. / Wurtele, H. / Guillemette, B. / Meeth, K. / Yuan, H. / Drogaris, P. / Lee, E.H. / Durette, C. / Thibault, P. / Verreault, A. / Cole, P.A. / Marmorstein, R. #1: ![]() タイトル: Fungal Rtt109 histone acetyltransferase is an unexpected structural homolog of metazoan p300/CBP. 著者: Tang, Y. / Holbert, M.A. / Wurtele, H. / Meeth, K. / Rocha, W. / Gharib, M. / Jiang, E. / Thibault, P. / Verreault, A. / Verrault, A. / Cole, P.A. / Marmorstein, R. #2: ![]() タイトル: Structure of Vps75 and implications for histone chaperone function. 著者: Tang, Y. / Meeth, K. / Jiang, E. / Luo, C. / Marmorstein, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 272.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 218.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 50348.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: BamHI/XhoI insert 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: KIM2, L1377, REM50, RTT109, SCY_3578, YLL002W / プラスミド: 6His-TEV-pCDF-Duet / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q07794, ![]() |
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#2: タンパク質 | ![]() 分子量: 27292.619 Da / 分子数: 1 / Fragment: unp residues 1-232 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: BamHI/XhoI insert 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: N0890, VPS75, YNL246W / プラスミド: GST-TEV-pRSF-Duet / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 D
#3: タンパク質・ペプチド | ![]() 分子量: 1492.727 Da / 分子数: 1 / Fragment: unp residues 1-14 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic (人工物) / 参照: UniProt: P61830 |
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-非ポリマー , 3種, 25分子 ![](data/chem/img/ACO.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-ACO / ![]() |
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#5: 化合物 | ChemComp-EDO / ![]() |
#6: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.57 % |
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結晶化![]() | 温度: 298 K / pH: 7.5 詳細: 10.0% (v/v) PEG 8000 8% (v/v) ethylene glycol 100 mM Hepes, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月14日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 23924 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 80.7 Å2 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 26.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.363 / % possible all: 78.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRIES 3D35 3DM7 解像度: 2.8→45.16 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 位相誤差: 28.43 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso min: 28.43 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→45.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.9275 Å /
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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