+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3pxi | ||||||
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Title | Structure of MecA108:ClpC | ||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN BINDING / ClpB / proteolysis / ClpC / ClpX / Hsp100/Clp / AAA+ proteins | ||||||
Function / homology | Function and homology information negative regulation of establishment of competence for transformation / negative regulation of sporulation resulting in formation of a cellular spore / establishment of competence for transformation / sporulation resulting in formation of a cellular spore / protein-macromolecule adaptor activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus subtilis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 6.926 Å | ||||||
Authors | Wang, F. / Mei, Z.Q. / Wang, J.W. / Shi, Y.G. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2011 Title: Structure and mechanism of the hexameric MecA-ClpC molecular machine. Authors: Wang, F. / Mei, Z.Q. / Qi, Y. / Yan, C.G. / Hu, Q. / Wang, J.W. / Shi, Y.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3pxi.cif.gz | 982.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3pxi.ent.gz | 815.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3pxi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/3pxi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/3pxi | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2y1qC 2y1rC 3pxgSC 1qvrS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13080.513 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: UNP RESIDUES 108-218 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis (bacteria) / Gene: mecA, BSU11520 / Plasmid: pET-27a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: P37958 #2: Protein | Mass: 84586.438 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: E280A, E618A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis (bacteria) / Gene: clpC, mecB, BSU00860 / Plasmid: pET-27a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: P37571 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.25 Å3/Da / Density % sol: 62.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.9 Details: 10% PEG 3350, 400mM magnesium formate, 100mM MES, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 13, 2008 |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 6.926→49.153 Å / Num. obs: 7032 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 486 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 26.31 |
Reflection shell | Resolution: 6.9→7.15 Å / % possible all: 99.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3PXG, 1QVR Resolution: 6.926→49.153 Å / SU ML: 1.13 / σ(F): 1.34 / Phase error: 46.1 / Stereochemistry target values: ML Details: THIS IS A 6.9A STRUCTURE, SO ONLY THE MAIN CHAIN CONFIRMATION AND DOMAIN ORIENTATION INFORMATION ARE MEANINGFUL. RESIDUE (C ALA 280) AND RESIDUE (C ILE 299) IS LINKED DUE TO THE POOR DENSITY. ...Details: THIS IS A 6.9A STRUCTURE, SO ONLY THE MAIN CHAIN CONFIRMATION AND DOMAIN ORIENTATION INFORMATION ARE MEANINGFUL. RESIDUE (C ALA 280) AND RESIDUE (C ILE 299) IS LINKED DUE TO THE POOR DENSITY. RESIDUE GLU 664 AND RESIDUE LYS 686 IN CHAIN A, B, C SHOULD BE LINKED BUT THEY ARE NOT PROPERLY LINKED DUE TO THE POOR DENSITY.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 648.396 Å2 / ksol: 0.336 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 6.926→49.153 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2 / % reflection obs: 99 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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