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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3psz | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of AhQnr, the Qnr protein from Aeromonas hydrophila (P21212 crystal form) | ||||||
![]() | Qnr | ||||||
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機能・相同性 | ![]() Pentapeptide repeats (8 copies) / E3 ubiquitin-protein ligase SopA / Pentapeptide repeats (9 copies) / ![]() 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xiong, X. / Spencer, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insights into quinolone antibiotic resistance mediated by pentapeptide repeat proteins: conserved surface loops direct the activity of a Qnr protein from a Gram-negative bacterium 著者: Xiong, X. / Bromley, E.H.C. / Oelschlaeger, P. / Woolfson, D.N. / Spencer, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 195.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 157.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 216 / Label seq-ID: 1 - 216
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24493.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: hydrophila ATCC 7966 / 遺伝子: AHA_0291 / プラスミド: pET-26b / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ACT / ![]() #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.61 % |
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結晶化![]() | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 0.1M sodium cacodylate, 1.5M sodium acetate, 20mM DTT, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月14日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(III) monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.2→43.43 Å / Num. all: 29576 / Num. obs: 28777 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 22.162 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.424 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 4050 / % possible all: 98.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3PSS 解像度: 2.2→41.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 13.361 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.51 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→41.45 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: B / Ens-ID: 1 / 数: 2841 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.204→2.261 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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