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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3pss | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of AhQnr, the Qnr protein from Aeromonas hydrophila (P21 crystal form) | ||||||
要素 | Qnr | ||||||
キーワード | CELL CYCLE (細胞周期) / pentapeptide repeat / antibiotic resistance (抗微生物薬耐性) / DNA topoisomerase II (DNAジャイレース) | ||||||
機能・相同性 | Pentapeptide repeats (8 copies) / E3 ubiquitin-protein ligase SopA / Pentapeptide repeats (9 copies) / Pentapeptide repeat / Pectate Lyase C-like / 3 Solenoid / Mainly Beta / Qnr 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aeromonas hydrophila (エロモナス・ハイドロフィラ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Xiong, X. / Spencer, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011 タイトル: Structural insights into quinolone antibiotic resistance mediated by pentapeptide repeat proteins: conserved surface loops direct the activity of a Qnr protein from a Gram-negative bacterium 著者: Xiong, X. / Bromley, E.H.C. / Oelschlaeger, P. / Woolfson, D.N. / Spencer, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3pss.cif.gz | 190.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3pss.ent.gz | 163.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3pss.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/3pss ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/3pss | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24334.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila (エロモナス・ハイドロフィラ) 株: hydrophila ATCC 7966 / 遺伝子: AHA_0291 / プラスミド: pET-26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: A0KF03 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.21 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M bis-tris propane, 0.2M potassium thiocyanate, 20% PEG 3350, 16% glycerol, 40mM DTT, 18mM spermine-HCl Reductively methylated protein, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月18日 |
放射 | モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→49.96 Å / Num. all: 32803 / Num. obs: 32765 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 23.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.562 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 4744 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→49.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 9.545 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.142 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→49.5 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2767 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.003→2.055 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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