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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3pn6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Arabidopsis thaliana petide deformylase 1B (AtPDF1B) G41M mutant | ||||||
要素 | Peptide deformylase 1B, chloroplastic | ||||||
キーワード | HYDROLASE / peptide deformylase / 1B / PDF / N-terminal excision pathway / NME / induced-fit | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptide deformylase / peptide deformylase activity / plastid / chloroplast stroma / chloroplast / translation / mitochondrion / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Fieulaine, S. / Meinnel, T. / Giglione, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2011 タイトル: Trapping conformational States along ligand-binding dynamics of Peptide deformylase: the impact of induced fit on enzyme catalysis. 著者: Fieulaine, S. / Boularot, A. / Artaud, I. / Desmadril, M. / Dardel, F. / Meinnel, T. / Giglione, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3pn6.cif.gz | 161.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3pn6.ent.gz | 127.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3pn6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3pn6_validation.pdf.gz | 430.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3pn6_full_validation.pdf.gz | 432 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3pn6_validation.xml.gz | 19.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3pn6_validation.cif.gz | 28.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/3pn6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/3pn6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22050.377 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 83-273 / 変異: G41M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: DEF2, PDF1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Jm101Tr / 参照: UniProt: Q9FUZ2, peptide deformylase #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.16 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 15% PEG-3350, Zinc acetate 100mM, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.873 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 26305 / Num. obs: 26225 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.5 % / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 21.56 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / 冗長度: 9.5 % / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Num. unique all: 4082 / Rsym value: 0.374 / % possible all: 98.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3M6O 解像度: 2.1→48.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 6.783 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.939 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.56 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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