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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3pgw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human U1 snRNP | ||||||
要素 |
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キーワード | splicing/DNA/RNA / PROTEIN-RNA COMPLEX / U1 snRNA (U1 snRNA) / Sm fold / Sm core / RRM / Splicing / mRNA (伝令RNA) / snRNPs / splicing factors / splicing-DNA-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of protein refolding / histone mRNA metabolic process / regulation of ATP-dependent activity / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / histone pre-mRNA 3'end processing complex / import into nucleus / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs ...negative regulation of protein refolding / histone mRNA metabolic process / regulation of ATP-dependent activity / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / histone pre-mRNA 3'end processing complex / import into nucleus / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / protein methylation / U12-type spliceosomal complex / methylosome / 7-methylguanosine cap hypermethylation / U1 snRNP binding / pICln-Sm protein complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / P granule / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / telomerase holoenzyme complex / U2-type spliceosomal complex / telomerase RNA binding / U2-type precatalytic spliceosome / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / RNA Polymerase II Transcription Termination / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / termination of RNA polymerase II transcription / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / mRNA Splicing - Minor Pathway / regulation of RNA splicing / U5 snRNP / spliceosomal snRNP assembly / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / snRNP Assembly / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / nuclear body / nuclear speck / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / enzyme binding / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 4.4 Å | ||||||
データ登録者 | Weber, G. / Trowitzsch, S. / Kastner, B. / Luehrmann, R. / Wahl, M.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2010 タイトル: Functional organization of the Sm core in the crystal structure of human U1 snRNP. 著者: Weber, G. / Trowitzsch, S. / Kastner, B. / Luhrmann, R. / Wahl, M.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3pgw.cif.gz | 110.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3pgw.ent.gz | 56.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3pgw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/3pgw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/3pgw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | biological assembly 1: chains A, S, Z, B, X, Y, F, E, G, R, D / biological assembly 2: chains P, L ,W, Q, U, V, I, H, J, N, M |
-要素
-タンパク質 , 9種, 18分子 APSLZWBQXUYVFIEHGJ
#1: タンパク質 | 分子量: 31319.533 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P09012 #2: タンパク質 | 分子量: 51683.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P08621 #3: タンパク質 | 分子量: 13940.308 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P62318 #4: タンパク質 | 分子量: 23686.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: Q66K91, UniProt: P14678*PLUS #5: タンパク質 | 分子量: 13310.653 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P62314 #6: タンパク質 | 分子量: 13551.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P62316 #7: タンパク質 | 分子量: 9734.171 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P62306 #8: タンパク質 | 分子量: 10817.601 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P62304 #9: タンパク質 | 分子量: 8508.084 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: D6W5G6, UniProt: P62308*PLUS |
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-RNA鎖 / DNA鎖 , 2種, 4分子 RNDM
#10: RNA鎖 | 分子量: 52697.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HELA #11: DNA鎖 | 分子量: 2803.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA oligonucleotide |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.43 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 8-10% PEG 4000, 0.1 M Trisodium citrate, 2 mM EDTA, 100 mM NaCl, 1-2% Anapoe X-305, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年8月30日 |
放射 | モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4.4→100 Å / Num. all: 28274 / Num. obs: 28079 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 4.4→4.6 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3480 / Rsym value: 0.73 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換, 多重同系置換・異常分散 解像度: 4.4→100 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4.4→100 Å
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拘束条件 |
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