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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3p94 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a GDSL-like Lipase (BDI_0976) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 1.93 A resolution | ||||||
要素 | GDSL-like Lipase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / SERINE HYDROLASE / CATALYTIC TRIAD (触媒三残基) / GDSL-LIKE LIPASE / FLAVODOXIN-LIKE (フラボドキシン) / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY | ||||||
機能・相同性 | SGNH hydrolase / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / SGNH_hydro domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Parabacteroides distasonis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.93 Å | ||||||
データ登録者 | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of a GDSL-like Lipase (BDI_0976) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 1.93 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3p94.cif.gz | 337 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3p94.ent.gz | 278.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3p94.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/3p94 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/3p94 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS A PREDOMINANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23132.578 Da / 分子数: 4 / 断片: sequence database residues 25-227 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Parabacteroides distasonis (バクテリア) 株: ATCC 8503 / DSM 20701 / NCTC 11152 / 遺伝子: BDI_0976 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A6LAN0 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE CONSTRUCT (RESIDUES 25-227) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG ...THE CONSTRUCT (RESIDUES 25-227) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.12 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / pH: 8.86 詳細: 30.40% polyethylene glycol 4000, 0.20M sodium acetate, 0.1M TRIS pH 8.86, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837,0.97913 | |||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月10日 | |||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.93→48.812 Å / Num. obs: 60928 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 19.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 10.17 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.93→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.552 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 86.4 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.93→48.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. POLYETHYLENE GLYCOL FRAGMENT (PG4) MODELED IS PRESENT PROTEIN/CRYSTALLIZATION/CRYO BUFFER. 3. NON- CRYSTALLOGRAPHIC RESTRAINTS WERE APPLIED DURING REFINEMENT (AUTONCS). 4. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.89 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.93→48.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.93→1.98 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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