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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3p7k | ||||||
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タイトル | GP41 peptide | ||||||
要素 | gp41 peptide | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / gp41 peptide | ||||||
機能・相同性 | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Namboodiri, H.V.M. / Springman, E.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3p7k.cif.gz | 17.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3p7k.ent.gz | 11.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3p7k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/3p7k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/3p7k | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5257.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.04 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: equal volume of 10mg/mL peptide and mother liquor: 5-10% ethylene glycol, 10% PEG 4000, 24-28% isopropanol, 0.1 M Na citrate, 1% beta-octylglucoside, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月3日 |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 3773 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→40 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→40 Å
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