ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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HKL-2000 | | データ収集 | PHASES | | 位相決定 | PHENIX | (phenix.refine: 1.6.4_486)精密化 | HKL-2000 | | データ削減 | HKL-2000 | | データスケーリング | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.35→36.375 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 4.5 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.1661 | 1647 | 4.95 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1463 | - | - | - |
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obs | 0.1473 | 33256 | 89.19 % | - |
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all | - | 36190 | - | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.109 Å2 / ksol: 0.386 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | | Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.0867 Å2 | 0 Å2 | -0 Å2 |
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2- | - | -1.1734 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 1.2601 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→36.375 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 966 | 0 | 0 | 181 | 1147 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.006 | 1111 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.109 | 1538 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d13.684 | 465 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.072 | 173 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.006 | 215 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Refine-ID | Num. reflection obs | % reflection obs (%) |
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1.35-1.3982 | 0.1617 | 119 | 0.1409 | X-RAY DIFFRACTION | 2437 | 69 | 1.3982-1.4542 | 0.1667 | 147 | 0.1237 | X-RAY DIFFRACTION | 2673 | 77 | 1.4542-1.5204 | 0.1548 | 152 | 0.1101 | X-RAY DIFFRACTION | 2890 | 82 | 1.5204-1.6005 | 0.1337 | 159 | 0.0997 | X-RAY DIFFRACTION | 3061 | 88 | 1.6005-1.7008 | 0.1297 | 165 | 0.1052 | X-RAY DIFFRACTION | 3151 | 90 | 1.7008-1.8321 | 0.127 | 171 | 0.12 | X-RAY DIFFRACTION | 3301 | 94 | 1.8321-2.0165 | 0.1436 | 181 | 0.1339 | X-RAY DIFFRACTION | 3401 | 96 | 2.0165-2.3083 | 0.1751 | 181 | 0.146 | X-RAY DIFFRACTION | 3480 | 98 | 2.3083-2.908 | 0.1741 | 180 | 0.1657 | X-RAY DIFFRACTION | 3543 | 99 | 2.908-36.3879 | 0.1877 | 192 | 0.1664 | X-RAY DIFFRACTION | 3672 | 98 |
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