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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3p1q | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human 14-3-3 sigma C38N/N166H in complex with TASK-3 Peptide and stabilizer fusicoccin A | ||||||
要素 |
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キーワード | PEPTIDE BINDING PROTEIN / Helical protein / Phosphoprotein / Adapter protein / Nucleus (Nucleus) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 TWIK-releated acid-sensitive K+ channel (TASK) / Phase 4 - resting membrane potential / stabilization of membrane potential / potassium ion leak channel activity / outward rectifier potassium channel activity / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / ケラチン ...TWIK-releated acid-sensitive K+ channel (TASK) / Phase 4 - resting membrane potential / stabilization of membrane potential / potassium ion leak channel activity / outward rectifier potassium channel activity / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / ケラチン / potassium ion import across plasma membrane / potassium channel activity / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / potassium ion transmembrane transport / protein kinase A signaling / protein export from nucleus / negative regulation of innate immune response / protein sequestering activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / potassium ion transport / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / シナプス小胞 / positive regulation of cell growth / regulation of cell cycle / cadherin binding / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Anders, C. / Higuchi, Y. / Schumacher, B. / Thiel, P. / Kato, N. / Ottmann, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem. Biol. / 年: 2013 タイトル: A semisynthetic fusicoccane stabilizes a protein-protein interaction and enhances the expression of K+ channels at the cell surface 著者: Anders, C. / Higuchi, Y. / Koschinsky, K. / Bartel, M. / Schumacher, B. / Thiel, P. / Nitta, H. / Preisig-Muller, R. / Schlichthorl, G. / Renigunta, V. / Ohkanda, J. / Daut, J. / Kato, N. / Ottmann, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3p1q.cif.gz | 133.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3p1q.ent.gz | 102.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3p1q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/3p1q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/3p1q | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3p1nC 3p1oC 3p1pC 3p1rC 3p1sC 3smkC 3smlC 3smmC 3smnC 3smoC 3sp5C 3sprC 3ux0C 4fr3C 3lw1S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AP
#1: タンパク質 | 分子量: 26577.920 Da / 分子数: 1 / 変異: C38N,N166H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN / プラスミド: pPROEX HTB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: P31947 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 856.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 参照: UniProt: Q9NPC2 |
-非ポリマー , 5種, 209分子
#3: 化合物 | ChemComp-FSC / | ||||
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#4: 化合物 | ChemComp-CL / | ||||
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-CA / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.56 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.095M HEPES Na-Salt, 25.6% PEG 400, 0.19M CaCl2, 5% Glycerol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年7月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→19.6 Å / Num. all: 31706 / Num. obs: 31587 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.89 % / Biso Wilson estimate: 21.959 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 24.85 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 3.74 % / Rmerge(I) obs: 0.198 / Mean I/σ(I) obs: 8.31 / Num. unique all: 4896 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB Entry 3LW1 解像度: 1.7→19.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 4.004 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.964 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.57 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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