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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3oyp | |||||||||
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タイトル | HCV NS3/4A in complex with ligand 3 | |||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / SERINE PROTEASE (セリンプロテアーゼ) / NS3 / NS4A / HEPATITIS C VIRUS (C型肝炎ウイルス) / PROTEASE INHIBITION / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA stabilization / RNA folding chaperone / DNA/DNA annealing activity / RNA strand annealing activity / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint ...RNA stabilization / RNA folding chaperone / DNA/DNA annealing activity / RNA strand annealing activity / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / デオキシリボ核酸 / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / ribonucleoprotein complex / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Hepatitis C virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 2.76 Å | |||||||||
データ登録者 | Hagel, M. / Niu, D. / St.Martin, T. / Sheets, M.P. / Qiao, L. / Bernard, H. / Karp, R.M. / Zhu, Z. / Labenski, M.T. / Chaturvedi, P.C. ...Hagel, M. / Niu, D. / St.Martin, T. / Sheets, M.P. / Qiao, L. / Bernard, H. / Karp, R.M. / Zhu, Z. / Labenski, M.T. / Chaturvedi, P.C. / Nacht, M. / Westlin, W.F. / Petter, R.C. / Singh, J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2011 タイトル: Selective irreversible inhibition of a protease by targeting a noncatalytic cysteine. 著者: Hagel, M. / Niu, D. / St.Martin, T. / Sheets, M.P. / Qiao, L. / Bernard, H. / Karp, R.M. / Zhu, Z. / Labenski, M.T. / Chaturvedi, P. / Nacht, M. / Westlin, W.F. / Petter, R.C. / Singh, J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3oyp.cif.gz | 85.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3oyp.ent.gz | 63.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3oyp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/3oyp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/3oyp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1dxpS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19749.553 Da / 分子数: 2 / 断片: PROTEASE/HELICASE NS3 (P70), UNP residues 1027-1213 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Hepatitis C virus (isolate Japanese) (C型肝炎ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P26662, hepacivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, ヘリカーゼ #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1686.097 Da / 分子数: 2 断片: NONSTRUCTURAL PROTEIN NS4A (P4), UNP residues 1677-1991 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Hepatitis C virus (isolate Japanese) (C型肝炎ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26662 #3: タンパク質・ペプチド | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.11 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: NaCl, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 / 波長: 1 Å | |||||||||
検出器 | タイプ: PILATUS 6M / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月4日 / 詳細: mirrors | |||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.76→81.65 Å / Num. all: 10926 / Num. obs: 10926 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.123 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.76→2.9 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.643 / % possible all: 92.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: その他 開始モデル: 1DXP 解像度: 2.76→81.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.849 / SU B: 16.216 / SU ML: 0.319 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.408 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.827 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.76→81.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.76→2.832 Å / Total num. of bins used: 20
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