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Yorodumi- PDB-3oxa: Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase D40N/C69S/C81S/C97S/M1... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3oxa | ||||||
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Title | Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase D40N/C69S/C81S/C97S/M116C-CN from P. putida | ||||||
Components | Steroid Delta-isomerase | ||||||
Keywords | ISOMERASE / steroid isomerase / steroid / cyanylation | ||||||
Function / homology | Function and homology information steroid Delta-isomerase / steroid delta-isomerase activity / steroid metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas putida (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.89 Å | ||||||
Authors | Sigala, P.A. / Fenn, T.D. / Herschlag, D. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2012 Title: Quantitative, directional measurement of electric field heterogeneity in the active site of ketosteroid isomerase. Authors: Fafarman, A.T. / Sigala, P.A. / Schwans, J.P. / Fenn, T.D. / Herschlag, D. / Boxer, S.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3oxa.cif.gz | 214.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3oxa.ent.gz | 174.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3oxa.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/3oxa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/3oxa | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3owuC 3owyC 3ox9C 2pzvS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14496.276 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: D40N, C69S, C81S, C97S, M116(XCN) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas putida (bacteria) / Gene: ksi / Plasmid: pKK223-3 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: P07445, steroid Delta-isomerase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.2 Details: 1.1 M ammonium sulfate, 5% isopropanol, 40 mM potassium phosphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.2 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 31, 2007 |
Radiation | Monochromator: Double crystal, Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.89→41.67 Å / Num. all: 46319 / Num. obs: 39383 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 39.888 Å2 |
Reflection shell | Resolution: 1.89→1.9 Å / % possible all: 25 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 2PZV Resolution: 1.89→41.67 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.6179 / Cross valid method: THROUGHOUT / Stereochemistry target values: ml
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Solvent computation | Bsol: 79.487 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 189.96 Å2 / Biso mean: 74.7407 Å2 / Biso min: 28.55 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.89→41.67 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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