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万見
- PDB-3owa: Crystal Structure of Acyl-CoA Dehydrogenase complexed with FAD fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3owa
タイトルCrystal Structure of Acyl-CoA Dehydrogenase complexed with FAD from Bacillus anthracis
要素Acyl-CoA dehydrogenaseアシルCoAデヒドロゲナーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-structure / beta-barrel (Βバレル) / dehydrogenase (脱水素酵素) / cytosol (細胞質基質)
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; その他の電子受容体を用いる / acyl-CoA dehydrogenase activity / flavin adenine dinucleotide binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Acyl-CoA dehydrogenases signature 1. / Acyl-CoA dehydrogenases signature 2. / Acyl-CoA dehydrogenase, conserved site / Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain ...Acyl-CoA dehydrogenases signature 1. / Acyl-CoA dehydrogenases signature 2. / Acyl-CoA dehydrogenase, conserved site / Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Up-down Bundle / Βバレル / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンアデニンジヌクレオチド / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / アシルCoAデヒドロゲナーゼ / アシルCoAデヒドロゲナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Kim, Y. / Maltseva, N. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Acyl-CoA Dehydrogenase complexed with FAD from Bacillus anthracis
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2010年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-CoA dehydrogenase
B: Acyl-CoA dehydrogenase
C: Acyl-CoA dehydrogenase
D: Acyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)272,59226
ポリマ－267,1434
非ポリマー5,44922
水38,6782147
1
A: Acyl-CoA dehydrogenase
B: Acyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,48415
ポリマ－133,5712
非ポリマー2,91213
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13340 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area41760 Å2
手法PISA
2
C: Acyl-CoA dehydrogenase
D: Acyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,10811
ポリマ－133,5712
非ポリマー2,5369
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12810 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area41920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.613, 98.028, 107.743
Angle α, β, γ (deg.)92.80, 106.63, 105.30
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Acyl-CoA dehydrogenase / アシルCoAデヒドロゲナーゼ


分子量: 66785.734 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames Ancestor / 遺伝子: BAS4875, BA_5246, GBAA5246, GBAA_5246 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic
参照: UniProt: Q81XJ1, UniProt: A0A6H3ADM7*PLUS, 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; その他の電子受容体を用いる

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非ポリマー , 6種, 2169分子

#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 238.278 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.07 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.05 M Ammonium sulfate 0.05 M BIS-TRIS pH6.5, 30 % v/v Pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→50 Å / Num. all: 195135 / Num. obs: 195135 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 1.97→2 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 92.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-3000データ収集
BALBES位相決定
PHENIX精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDBID 2Z1Q

2z1q


解像度: 1.97→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 8.007 / SU ML: 0.102 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20131 9842 5 %RANDOM
Rwork0.1622 ---
obs0.16417 185170 96.92 %-
all-185170 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.751 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å21.16 Å22.1 Å2
2--0.06 Å23.62 Å2
3---2.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18051 0 362 2147 20560
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02219100
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4251.99625771
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.16752398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.66824.903824
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.647153513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.20315100
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.22884
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02114068
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9791.511736
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.833218860
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.99337364
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6494.56911
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.967→2.018 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 672 -
Rwork0.266 12637 -
obs--89.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.61040.1718-0.2750.8516-0.41430.4937-0.0807-0.0203-0.1416-0.1932-0.076-0.28360.15230.02790.15670.12430.01010.05690.059-0.00050.12422.58510.7773-1.7846
20.8942-0.05760.00710.7446-0.30720.43480.0410.01470.30070.0125-0.0152-0.1095-0.0485-0.0387-0.02590.0714-0.01160.00730.0408-0.0020.1456-7.8635.4607-4.8298
30.77060.23950.06060.5685-0.26350.4158-0.05030.11870.0066-0.10020.1410.07390.0159-0.1529-0.09080.101-0.0067-0.00940.1458-0.0040.0461-43.237-27.380829.6092
41.16030.30940.29790.9172-0.10720.6260.1309-0.3197-0.27380.188-0.0444-0.20150.0073-0.1404-0.08650.1073-0.0146-0.04880.14970.05240.0987-28.1068-40.828960.1236
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 600
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 600
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 600
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 600

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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