+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3org | ||||||
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Title | Crystal Structure of a eukaryotic CLC transporter | ||||||
Components | CmCLC | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / CLC / transporter | ||||||
Function / homology | Clc chloride channel / Clc chloride channel / CBS-domain / CBS-domain / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta Function and homology information | ||||||
Biological species | Cyanidioschyzon merolae (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 3.5 Å | ||||||
Authors | Feng, L. / MacKinnon, R. | ||||||
Citation | Journal: Science / Year: 2010 Title: Structure of a eukaryotic CLC transporter defines an intermediate state in the transport cycle. Authors: Feng, L. / Campbell, E.B. / Hsiung, Y. / MacKinnon, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3org.cif.gz | 824.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3org.ent.gz | 695.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3org.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/3org ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/3org | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 69154.164 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Cyanidioschyzon merolae (eukaryote) / Gene: CLC / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) #2: Chemical | ChemComp-CL / Sequence details | THERE IS NO UNIPROT SEQUENCE DATABASE MATCH AT THE TIME OF PROCESSING. AUTHORS STATE THAT THE ...THERE IS NO UNIPROT SEQUENCE DATABASE MATCH AT THE TIME OF PROCESSING | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.16 Å3/Da / Density % sol: 70.44 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.7 Details: PEG 400, 200mM ammonium sulfate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector | Detector: CCD / Date: Aug 7, 2009 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Redundancy: 13.2 % / Av σ(I) over netI: 15.4 / Number: 207316 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 1.56 / D res high: 3.4 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 15696 / % possible obs: 97 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 3.5→50 Å / Num. obs: 56764 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 1.299 / Net I/σ(I): 10.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 3.5→29.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 66.125 / SU ML: 0.459 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.566 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 241.32 Å2 / Biso mean: 123.4151 Å2 / Biso min: 78.47 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.5→29.66 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.5→3.59 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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