[English] 日本語
Yorodumi- PDB-3oj1: Structure of the H55D mutant of dehaloperoxidase-hemoglobin A fro... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3oj1 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of the H55D mutant of dehaloperoxidase-hemoglobin A from Amphitrite ornata | ||||||
Components | Dehaloperoxidase A | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / globin / peoxidase / dehalopeoxidase | ||||||
Function / homology | Function and homology information oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Amphitrite ornata (invertebrata) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.52 Å | ||||||
Authors | Zhao, J. / De Serrano, V.S. / Franzen, S. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Effect of the H55D mutation on the kinetics and structure of dehaloperoxidase-hemoglobin A Authors: Zhao, J. / De Serrano, V.S. / Franzen, S. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3oj1.cif.gz | 109.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb3oj1.ent.gz | 80.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3oj1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/3oj1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/3oj1 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 3ok5C 2qfkS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 15525.538 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: H55D Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Amphitrite ornata (invertebrata) / Gene: dhpA / Plasmid: pET16b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta (DE3) / References: UniProt: Q9NAV8 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.84 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.2 M Ammonuim Sulfate, 34% w/v PEG 4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-BM / Wavelength: 0.91339 Å | |||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 14, 2010 | |||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91339 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
| |||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.52→48.02 Å / Num. all: 39120 / Num. obs: 38241 / % possible obs: 97.7521 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 5.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 5.68 | |||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.52→1.61 Å / Redundancy: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 2.56 / Num. unique all: 6615 / % possible all: 97.3 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 2QFK Resolution: 1.52→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 2.834 / SU ML: 0.049 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.023 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 5.87 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.52→35 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.52→1.559 Å / Total num. of bins used: 20
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | L11: 0 °2 / L12: 0 °2 / L13: 0 °2 / L22: 0 °2 / L23: 0 °2 / L33: 0 °2 / S11: 0 Å ° / S12: 0 Å ° / S13: 0 Å ° / S21: 0 Å ° / S22: 0 Å ° / S23: 0 Å ° / S31: 0 Å ° / S32: 0 Å ° / S33: 0 Å ° / T11: 0 Å2 / T12: 0 Å2 / T13: 0 Å2 / T22: 0 Å2 / T23: 0 Å2 / T33: 0 Å2 / Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|