PDB-3o9i: Crystal Structure of wild-type HIV-1 Protease in complex with af61

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3o9i

タイトル

Crystal Structure of wild-type HIV-1 Protease in complex with af61

要素

Protease

プロテアーゼ

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR /

HIV-1 protease /

drug resistance (薬剤耐性) /

drug design (医薬品設計) /

Protease inhibitors /

AIDS (後天性免疫不全症候群) /

Aspartyl protease (アスパラギン酸プロテアーゼ) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

: / : /

HIV-1 retropepsin /

retroviral ribonuclease H /

exoribonuclease H /

exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration /

逆転写酵素 / viral penetration into host nucleus ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain /

Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral /

Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Schiffer, C.A. / Nalam, M.N.L.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Substrate envelope-designed potent HIV-1 protease inhibitors to avoid drug resistance.
著者: Nalam, M.N. / Ali, A. / Reddy, G.S. / Cao, H. / Anjum, S.G. / Altman, M.D. / Yilmaz, N.K. / Tidor, B. / Rana, T.M. / Schiffer, C.A.

履歴

登録	2010年8月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年9月28日	Group: Refinement description
改定 1.2	2011年11月23日	Group: Structure summary
改定 1.3	2013年11月27日	Group: Database references
改定 1.4	2014年3月19日	Group: Other
改定 1.5	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3o9i.cif.gz	95.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3o9i.ent.gz	74.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3o9i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/3o9i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/3o9i	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3o99C 3o9aC 3o9bC 3o9cC 3o9dC 3o9eC 3o9fC 3o9gC 3o9hC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2qi6-d 4njt-1 6oxt-d 4dqh-d 2psv-d 2qi1-d 3sa7-d 3o99-d 1t7j-d 1bv9-d 1mrw-d 1t7i-d 1dmp-d 4phv-d 1mer-d 3saa-d 3r4b-d 3sa9-d 4dqc-d 3mxd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (2) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

22.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.696, 57.505, 61.769
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protease / プロテアーゼ分子量: 10815.790 Da / 分子数: 2 / 断片: HIV-1 protease (UNP residues 1 to 99) / 変異: Q7K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: HXB2 / 遺伝子: gag-pol, pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP106 / 参照: UniProt: Q90K99, UniProt: P03369*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-A61 / (3R,3aS,6aR)-hexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl {(1S,2R)-3-[(1,3-benzothiazol-6-ylsulfonyl)(2-ethylbutyl)amino]-1-benzyl-2-hydroxypropyl}carbamate 分子量: 617.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₃₉N₃O₇S₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.9 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: ハンギングドロップ法, 蒸気拡散法 / pH: 6.2 詳細: 126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-29% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 32659 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 13.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.45-1.5	5.2	0.33	1	100
1.5-1.56	5.2	0.24	1	100
1.56-1.63	5.2	0.188	1	100
1.63-1.72	5.2	0.142	1	100
1.72-1.83	5.2	0.103	1	100
1.83-1.97	5.2	0.075	1	100
1.97-2.17	5.1	0.054	1	100
2.17-2.48	5.1	0.051	1	99.9
2.48-3.12	5	0.041	1	99.8
3.12-50	4.7	0.023	1	98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry ?

解像度: 1.45→42.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.021 / SU ML: 0.041 / SU R Cruickshank DPI: 0.0685 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18824	1651	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1688	-	-	-
obs	0.16981	30945	99.76 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.281 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.75 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→42.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1494	0	62	182	1738

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	1650
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1108
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.398	2.024	2259
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.799	3	2735
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.287	5	210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.978	24.737	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.635	15	276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.096	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	264
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	1799
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	297
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.613	1.5	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.167	1.5	426
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.034	2	1664
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.672	3	630
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.535	4.5	595
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.214	97	-
R_work	0.197	2250	-
obs	-	-	99.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5872	-0.1953	-0.0498	1.1496	-0.0742	1.433	-0.0919	-0.2284	0.0432	0.217	0.1019	-0.0246	-0.0655	0.0394	-0.01	0.0853	0.0294	0.0111	0.079	-0.0032	0.0097	21.134	26.021	29.735
2	1.7515	-1.2277	-0.3528	2.0855	-0.1672	1.5226	-0.0649	-0.0277	-0.2174	0.1299	0.0946	0.222	0.1561	-0.065	-0.0297	0.0661	0.0051	0.018	0.0486	0.0128	0.0518	19.521	17.142	23.007
3	2.5752	0.6461	0.8536	2.6151	-1.0019	0.7924	-0.0277	0.0046	0.0145	0.045	-0.0599	-0.121	-0.0398	0.0256	0.0876	0.0577	0.0028	-0.0044	0.0705	0.0006	0.039	27.853	28.047	18.613
4	1.7388	-0.2442	0.041	1.1486	-0.6123	1.1397	-0.0436	0.0104	-0.0701	-0.0914	0.118	0.1991	-0.0467	-0.038	-0.0744	0.0539	0.0052	-0.0077	0.0417	0.0174	0.0864	12.305	26.948	18.652
5	2.6155	-1.2705	-1.494	5.5479	-0.2262	3.6368	0.0154	-0.1908	-0.213	0.3784	-0.3586	-1.0495	-0.3356	0.2374	0.3432	0.0415	-0.0414	-0.1026	0.0571	0.1056	0.269	39.774	30.48	23.571
6	4.0928	-3.6695	-1.582	5.1821	-1.5937	3.8396	0.0495	-0.096	-0.4095	-0.0309	0.2275	0.6161	-0.0899	-0.2934	-0.2769	0.0171	-0.0075	0.0005	0.1042	0.0237	0.2283	1.074	21.429	18.328
7	3.9365	-0.3238	0.2158	1.7795	1.3567	3.3243	0.021	0.1648	0.1471	-0.0805	0.015	-0.1265	-0.1526	0.2918	-0.0361	0.0424	-0.0158	0.0076	0.087	0.0461	0.0621	39.44	31.199	10.141
8	5.4059	-1.0622	-1.1381	6.3333	2.7183	3.4857	0.1324	0.3432	0.0201	0.0638	-0.025	0.2273	0.1363	-0.3609	-0.1075	0.0122	-0.0012	-0.0005	0.1001	0.0543	0.0331	0.507	33.955	13.172
9	7.1481	-1.3803	-1.8288	0.7997	0.0825	3.2136	0.0104	0.2166	-0.1052	-0.0815	-0.0057	0.0442	-0.0109	0.0228	-0.0047	0.064	0.0052	0.0023	0.0491	-0.0105	0.0288	27.299	30.666	4.254
10	5.2169	-1.7341	0.0869	2.4181	-1.3732	0.919	0.0711	0.1644	-0.0335	-0.0015	-0.0216	0.1272	-0.0167	0.005	-0.0495	0.0628	0.0002	-0.0015	0.0604	0.0026	0.0624	12.453	39.202	11.435
11	0.7725	-0.0098	0.0487	2.8849	0.3623	2.4591	-0.0253	0.0486	0.0279	-0.1117	-0.0411	0.1103	-0.1596	0.0045	0.0664	0.0683	-0.0061	-0.0106	0.0627	0.013	0.0499	28.953	33.272	14.296
12	3.014	-1.9041	2.2716	3.3447	-1.5723	2.6543	0.1669	0.153	-0.0431	-0.274	-0.0647	0.2312	0.2212	0.0036	-0.1022	0.0575	0.0006	-0.0282	0.0409	0.0158	0.0617	10.41	29.105	12.235
13	1.5841	-0.5243	0.1463	2.4089	-0.3703	0.9915	-0.0543	0.0478	-0.0395	-0.0245	0.017	-0.0849	0.0057	-0.0043	0.0372	0.0616	0.0071	0.0031	0.0619	-0.005	0.0511	28.718	18.995	19.585
14	4.4281	-3.2743	-1.8182	2.6885	0.0998	1.1269	-0.3454	-0.4053	-0.1148	0.2437	0.3653	0.2483	-0.0238	0.039	-0.0199	0.0872	0.0539	0.0138	0.0938	0.0288	0.0736	11.953	28.901	27.375
15	0.0188	-1.8278	2.4812	9.2377	-8.8833	15.7041	0.1068	0.0789	-0.0454	-0.5587	-0.3262	-0.2538	0.3264	0.3059	0.2194	0.0405	0.0395	0.0583	0.0831	0.0402	0.1465	38.682	22.357	10.328
16	5.7395	4.1874	-2.6673	11.079	-6.2107	11.3017	0.2234	-0.009	0.1443	0.3653	0.2259	0.2956	-0.4508	-0.2763	-0.4493	0.0236	0.0349	0.0393	0.0386	0.0563	0.1391	1.669	36.586	21.343
17	12.1644	-0.4993	-8.4642	8.3192	2.5186	17.9362	-0.132	0.0504	0.7641	0.5126	-0.0864	-0.2047	-0.1489	0.216	0.2184	0.0409	-0.0266	-0.0764	0.0091	0.044	0.1396	37.677	23.893	24.041
18	13.8094	-10.3566	4.175	12.81	1.4333	5.8472	-0.188	0.5884	-0.247	0.307	0.1387	0.4406	0.4433	0.3089	0.0494	0.1091	-0.0017	0.0617	0.1336	0.081	0.118	2.901	22.959	24.764
19	1.354	-0.7277	-0.0625	2.4854	-1.5262	5.1399	-0.0329	0.0636	-0.0704	0.0677	-0.1361	-0.2618	0.1121	0.236	0.169	0.0291	-0.0068	0.0091	0.0424	0.0147	0.0895	36.239	20.982	19.59
20	0.6257	0.873	-1.6243	2.878	-1.0575	3.3886	-0.0588	0.0006	0.0779	-0.0199	0.0951	0.3125	0.1567	0.032	-0.0363	0.0377	0.0367	0.0139	0.0775	0.0527	0.1211	4.228	28.469	25.724

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 10
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 5
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	94 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	20 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	20 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	11 - 19
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	11 - 19
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	33 - 43
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	33 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	9	A	44 - 57
14	X-RAY DIFFRACTION	10	B	44 - 57
15	X-RAY DIFFRACTION	11	A	77 - 85
16	X-RAY DIFFRACTION	12	B	77 - 85
17	X-RAY DIFFRACTION	13	A	86 - 93
18	X-RAY DIFFRACTION	14	B	86 - 93
19	X-RAY DIFFRACTION	15	A	58 - 62
20	X-RAY DIFFRACTION	16	B	58 - 62
21	X-RAY DIFFRACTION	17	A	63 - 68
22	X-RAY DIFFRACTION	18	B	63 - 68
23	X-RAY DIFFRACTION	19	A	69 - 76
24	X-RAY DIFFRACTION	20	B	69 - 76

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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