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- PDB-3o3j: Crystal structure of Arabidopsis thaliana peptide deformylase 1B ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o3j
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana peptide deformylase 1B (AtPDF1B) in complex with inhibitor 6b
要素Peptide deformylase 1B
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / peptide deformylase (ペプチドデホルミラーゼ) / 1B / PDF / N-terminal excision pathway / NME / Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / induced-fit (酵素反応) / Hydrolase (加水分解酵素) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ペプチドデホルミラーゼ / peptide deformylase activity / 色素体 / 葉緑体 / 葉緑体 / 翻訳 (生物学) / ミトコンドリア / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ペプチドデホルミラーゼ / ペプチドデホルミラーゼ / ペプチドデホルミラーゼ / Peptide deformylase superfamily / Polypeptide deformylase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(5-bromo-1H-indol-3-yl)-N-hydroxyacetamide / Peptide deformylase 1B, chloroplastic/mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Fieulaine, S. / Meinnel, T. / Giglione, C.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2011
タイトル: Trapping conformational states along ligand-binding dynamics of peptide deformylase: the impact of induced fit on enzyme catalysis
著者: Fieulaine, S. / Boularot, A. / Artaud, I. / Desmadril, M. / Dardel, F. / Meinnel, T. / Giglione, C.
履歴
登録2010年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月21日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide deformylase 1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6388
ポリマ－21,9761
非ポリマー6627
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.500, 57.500, 144.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Peptide deformylase 1B / PDF 1B / AtPDF1B / AtDEF2 / Polypeptide deformylase


分子量: 21976.232 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-193 / 変異: R118K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: def / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Jm101Tr / 参照: UniProt: Q9FUZ2, ペプチドデホルミラーゼ
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-BB4 / 2-(5-bromo-1H-indol-3-yl)-N-hydroxyacetamide / N-ヒドロキシ-5-ブロモ-1H-インド-ル-3-アセトアミド


分子量: 269.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H9BrN2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.84 % / 解説: THE FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG550MME, ZnSO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å
検出器日付: 2008年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→35 Å / Num. all: 9287 / Num. obs: 9113 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.9 % / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 1460 / Rsym value: 0.241 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3M6O

3m6o


解像度: 3→28.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.854 / SU B: 37.362 / SU ML: 0.403 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.496 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28506 526 10 %RANDOM
Rwork0.20043 ---
obs0.20902 9113 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 73.294 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.92 Å20 Å20 Å2
2--2.92 Å20 Å2
3----5.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→28.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1377 0 21 84 1482
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.050.0221419
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.9181.9971932
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.6655179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.52625.15664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg27.31315223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg28.056157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2070.2218
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021098
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3440.2796
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3770.2973
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2340.284
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2430.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3840.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2770.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0070.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3431.5939
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.23421448
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1723570
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.3554.5484
LS精密化 シェル解像度: 3.002→3.079 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 37 -
Rwork0.352 335 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.9161 Å / Origin y: 16.0247 Å / Origin z: -23.4031 Å
111213212223313233
T-0.2757 Å20.0128 Å2-0.0762 Å2-0.0237 Å2-0.0153 Å2---0.2878 Å2
L1.9507 °20.3802 °20.8328 °2-4.4337 °22.7161 °2--9.3221 °2
S-0.2005 Å °-0.1438 Å °0.2097 Å °0.1947 Å °0.2283 Å °-0.2072 Å °-0.1902 Å °1.1793 Å °-0.0278 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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