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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3o2l | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of an Inactive Kemp Elimination Design HG-1 | ||||||
要素 | Endo-1,4-beta-xylanaseキシラナーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / tim barrel (TIMバレル) / Kemp eliminase / Kemp elimination | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermoascus aurantiacus (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Thomas, L.M. / Privett, H.K. / Mayo, S.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012 タイトル: Iterative approach to computational enzyme design. 著者: Privett, H.K. / Kiss, G. / Lee, T.M. / Blomberg, R. / Chica, R.A. / Thomas, L.M. / Hilvert, D. / Houk, K.N. / Mayo, S.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3o2l.cif.gz | 74.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3o2l.ent.gz | 54.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3o2l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/3o2l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/3o2l | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34378.438 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 27-329 / 変異: Q27E, A47M, E72M, W113G, S115F, Q116Y, D265N, Y293A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoascus aurantiacus (菌類) / 遺伝子: XYNA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23360, キシラナーゼ |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.77 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.8 M potassium-sodium tartrate, 0.1 M Tris, 0.05% PEG-MME 5000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年10月3日 / 詳細: Mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Osmic VeriMax Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→74.633 Å / Num. all: 18096 / Num. obs: 18096 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.025 / Rsym value: 0.025 / Net I/σ(I): 30.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→35.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 3.98 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.455 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→35.38 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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