+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3o2l | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of an Inactive Kemp Elimination Design HG-1 | ||||||
Components | Endo-1,4-beta-xylanaseXylanase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / tim barrel / Kemp eliminase / Kemp elimination | ||||||
Function / homology | Function and homology information endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermoascus aurantiacus (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Thomas, L.M. / Privett, H.K. / Mayo, S.L. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2012 Title: Iterative approach to computational enzyme design. Authors: Privett, H.K. / Kiss, G. / Lee, T.M. / Blomberg, R. / Chica, R.A. / Thomas, L.M. / Hilvert, D. / Houk, K.N. / Mayo, S.L. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3o2l.cif.gz | 74.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb3o2l.ent.gz | 54.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3o2l.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/3o2l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/3o2l | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 34378.438 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 27-329 Mutation: Q27E, A47M, E72M, W113G, S115F, Q116Y, D265N, Y293A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermoascus aurantiacus (fungus) / Gene: XYNA / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P23360, endo-1,4-beta-xylanase |
---|---|
#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.98 Å3/Da / Density % sol: 37.77 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 0.8 M potassium-sodium tartrate, 0.1 M Tris, 0.05% PEG-MME 5000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.54 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Oct 3, 2007 / Details: Mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Osmic VeriMax Mirrors / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→74.633 Å / Num. all: 18096 / Num. obs: 18096 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.025 / Rsym value: 0.025 / Net I/σ(I): 30.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2→35.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 3.98 / SU ML: 0.113 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.18 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 17.455 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→35.38 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
|