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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3nxa | ||||||
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Title | X-ray structure of the apo form of human S100A16 | ||||||
![]() | Protein S100-A16 | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / S100 family / ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() response to calcium ion / calcium-dependent protein binding / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Calderone, V. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural characterization of human S100A16, a low-affinity calcium binder. Authors: Babini, E. / Bertini, I. / Borsi, V. / Calderone, V. / Hu, X. / Luchinat, C. / Parigi, G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 131.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 96.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 11512.035 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.93 Å3/Da / Density % sol: 58.03 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.3 Details: 0.2 M tri-sodium potassium citrate, 20% PEG 3350, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Oct 28, 2008 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Graphite / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.1→40 Å / Num. all: 29230 / Num. obs: 29230 / % possible obs: 91.6 % / Redundancy: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 29.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 17.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.21 Å / Redundancy: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.339 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 3660 / Rsym value: 0.339 / % possible all: 79.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: Previously solved low resolution SAD structure Resolution: 2.1→39.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 30.176 / SU ML: 0.304 / Isotropic thermal model: Isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.047 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 52.498 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→39.15 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | L11: 0 °2 / L12: 0 °2 / L13: 0 °2 / L22: 0 °2 / L23: 0 °2 / L33: 0 °2 / S11: 0 Å ° / S12: 0 Å ° / S13: 0 Å ° / S21: 0 Å ° / S22: 0 Å ° / S23: 0 Å ° / S31: 0 Å ° / S32: 0 Å ° / S33: 0 Å ° / T11: 0 Å2 / T12: 0 Å2 / T13: 0 Å2 / T22: 0 Å2 / T23: 0 Å2 / T33: 0 Å2 / Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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