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- PDB-3npq: Structure of the S-adenosylhomocysteine riboswitch at 2.18 A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3npq
タイトルStructure of the S-adenosylhomocysteine riboswitch at 2.18 A
要素S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE RIBOSWITCH
キーワードRNA (リボ核酸) / riboswitch (リボスイッチ) / S-adenosyl-homocysteine
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / S-アデノシル-L-ホモシステイン / リボ核酸 / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Ralstonia solanacearum (青枯病菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1814 Å
データ登録者Reyes, F.E. / Edwards, A.E. / Batey, R.T.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2010
タイトル: Structural basis for recognition of S-adenosylhomocysteine by riboswitches.
著者: Edwards, A.L. / Reyes, F.E. / Heroux, A. / Batey, R.T.
履歴
登録2010年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE RIBOSWITCH
B: S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE RIBOSWITCH
C: S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE RIBOSWITCH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,03821
ポリマ－52,4693
非ポリマー3,57018
水10,359575
1
A: S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE RIBOSWITCH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6797
ポリマ－17,4901
非ポリマー1,1906
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE RIBOSWITCH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6797
ポリマ－17,4901
非ポリマー1,1906
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE RIBOSWITCH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6797
ポリマ－17,4901
非ポリマー1,1906
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.793, 103.241, 69.583
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.90, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-99-

HOH

21A-105-

HOH

31A-329-

HOH

41B-334-

HOH

51C-140-

HOH

61C-370-

HOH

71C-422-

HOH

81C-425-

HOH

91C-429-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 1:38 or resseq 43:54 ) and not element H
211chain B and (resseq 1:38 or resseq 43:54 ) and not element H
311chain C and (resseq 1:38 or resseq 43:54 ) and not element H

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要素

#1: RNA鎖 S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE RIBOSWITCH


分子量: 17489.508 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA was prepared by in vitro transcription with T7 RNA polymerase
由来: (合成) Ralstonia solanacearum (青枯病菌)
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物
ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 575 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.25 mM Spermine, 9 mM magnesium chloride, 0.9 mM spermidine, 2.5 mM Cobalt(III)hexammine chloride, 0.05 M sodium cacodylate pH 7.0, 5% (v/v) PEG 400, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -1/2*h-1/2*k-l,-1/2*h-1/2*k+l,-1/2*h+1/2*k / Fraction: 0.53
反射解像度: 1.95→23.014 Å / Num. obs: 41336 / % possible obs: 86.4 % / 冗長度: 6.2 % / Rsym value: 0.071
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.95-2.0541.1571.0050.71300632680.5661.1571.0051.447
2.05-2.184.30.7350.6451.11960045950.3470.7350.6452.269.8
2.18-2.3350.4640.4151.82785855730.2030.4640.4153.790.5
2.33-2.516.70.2750.2542.93887757640.1050.2750.2546.799.7
2.51-2.7570.1510.145.23735953150.0560.1510.141199.8
2.75-3.087.10.0860.0797.13421547960.0320.0860.07917.899.9
3.08-3.567.10.0670.0628.73031542530.0250.0670.06225.599.8
3.56-4.3670.0590.05510.62528135880.0220.0590.0552999.2
4.36-6.166.80.0630.058101846727340.0240.0630.05830.298.3
6.16-23.0146.40.0570.05211.3934614500.0220.0570.05231.193.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 34.93 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å23.01 Å
Translation2.5 Å23.01 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.15データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.4_87精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
CBASSデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NPN

3npn


解像度: 2.1814→23.014 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 28.09 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2454 1761 5.38 %
Rwork0.2353 --
obs0.2358 32745 95.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 77.228 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.1324 Å20 Å20.2297 Å2
2--5.5823 Å20 Å2
3---0.646 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1814→23.014 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 3235 183 575 3993
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0013793
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5365981
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.421482
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033765
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001156
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1056X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1056X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.004
13C1058X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.017
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1814-2.25160.53861200.38962348X-RAY DIFFRACTION77
2.2516-2.33190.33781340.38082579X-RAY DIFFRACTION84
2.3319-2.4250.39571470.38462817X-RAY DIFFRACTION92
2.425-2.53510.30671470.34782889X-RAY DIFFRACTION93
2.5351-2.66820.35331490.35292905X-RAY DIFFRACTION94
2.6682-2.83470.27281490.30862899X-RAY DIFFRACTION94
2.8347-3.05250.29041530.25442926X-RAY DIFFRACTION94
3.0525-3.35750.21641430.21462943X-RAY DIFFRACTION95
3.3575-3.83860.19591470.19452944X-RAY DIFFRACTION95
3.8386-4.81830.19051490.1872920X-RAY DIFFRACTION94
4.8183-17.11420.22351490.18362917X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.28170.1603-0.40810.08750.13452.2812-0.3050.143-0.04510.0207-0.19580.05410.033-0.46230.32330.1388-0.03050.01150.4242-0.07970.184829.0998-18.06214.871
20.5523-0.5206-0.18590.60170.26320.43130.2202-0.0059-0.0422-0.2975-0.09130.10540.05270.0813-0.09290.35550.0495-0.03010.1851-0.00810.196632.611913.702611.0305
30.52140.52710.5161.27640.46710.5746-0.18170.27810.19960.02690.13230.17450.03460.23020.02480.1032-0.0222-0.00570.18780.06780.195813.06922.915334.7951
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and not element H
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and not element H
3X-RAY DIFFRACTION3chain C and not element H

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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