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- PDB-3nm3: The Crystal Structure of Candida glabrata THI6, a Bifunctional En... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nm3
タイトルThe Crystal Structure of Candida glabrata THI6, a Bifunctional Enzyme involved in Thiamin Biosyhthesis of Eukaryotes
要素Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / THI6 / Bifunctional Enzyme (ホスホフルクトキナーゼ2) / Thiamin Biosynthesis / Eukaryoyes
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxyethylthiazole kinase activity / thiamine-phosphate diphosphorylase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Thiamine phosphate synthase / Hydroxyethylthiazole kinase / Hydroxyethylthiazole kinase family / Thiamine phosphate synthase/TenI / Thiamine monophosphate synthase / Thiamin phosphate synthase superfamily / リボキナーゼ / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / Aldolase class I ...Thiamine phosphate synthase / Hydroxyethylthiazole kinase / Hydroxyethylthiazole kinase family / Thiamine phosphate synthase/TenI / Thiamine monophosphate synthase / Thiamin phosphate synthase superfamily / リボキナーゼ / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYROPHOSPHATE 2- / THIAMIN PHOSPHATE / Candida glabrata strain CBS138 chromosome E complete sequence
類似検索 - 構成要素
生物種Candida glabrata (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.102 Å
データ登録者Paul, D. / Chatterjee, A. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Domain Organization in Candida glabrata THI6, a Bifunctional Enzyme Required for Thiamin Biosynthesis in Eukaryotes .
著者: Paul, D. / Chatterjee, A. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
履歴
登録2010年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年5月29日Group: Other
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme
B: Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme
C: Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme
D: Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme
E: Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme
F: Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)352,03324
ポリマ－348,7606
非ポリマー3,27418
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20730 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area107640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.191, 154.602, 148.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme


分子量: 58126.605 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida glabrata (菌類) / 遺伝子: CAGL0E05808g, THI6 / プラスミド: THT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Star(DE3)
参照: UniProt: Q6FV03, thiamine phosphate synthase, hydroxyethylthiazole kinase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-TPS / THIAMIN PHOSPHATE / チアミンホスファ-ト


分子量: 345.334 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H18N4O4PS
#4: 化合物
ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2- / ピロリン酸塩


分子量: 175.959 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.7 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG400, 200 mM MgCl2, 100 mM HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→46 Å / Num. all: 188896 / Num. obs: 72303 / Biso Wilson estimate: 69.15 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 3.102→46 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.7892 / SU ML: 2.95 / σ(F): 0.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2513 3404 5.02 %
Rwork0.1974 --
obs0.2001 67768 80.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.183 Å2 / ksol: 0.299 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 156.09 Å2 / Biso mean: 84.8153 Å2 / Biso min: 48.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-34.4952 Å2-0 Å223.8834 Å2
2---11.1247 Å20 Å2
3----23.3705 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.102→46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22799 0 192 0 22991
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00723518
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11531960
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0693798
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054098
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.3278482
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1024-3.14670.4187830.3831646172950
3.1467-3.19360.4094970.34062004210160
3.1936-3.24350.3691960.3122082217863
3.2435-3.29670.36651210.29652193231465
3.2967-3.35350.34011150.27982287240269
3.3535-3.41450.28361250.26572272239769
3.4145-3.48010.29341330.26852340247371
3.4801-3.55110.2871320.23352359249171
3.5511-3.62830.32981230.24212424254773
3.6283-3.71270.27571310.22922543267477
3.7127-3.80550.30881290.21562637276679
3.8055-3.90830.26691540.20742676283081
3.9083-4.02330.24711480.20112813296185
4.0233-4.1530.23811700.18262889305988
4.153-4.30140.25191510.162998314990
4.3014-4.47350.22781360.14623105324192
4.4735-4.67690.18821890.13933081327093
4.6769-4.92320.18951650.1443077324293
4.9232-5.23120.22071570.15323146330394
5.2312-5.63450.23011660.16123171333795
5.6345-6.20030.23911910.16993144333595
6.2003-7.09470.23041700.16213192336295
7.0947-8.92790.15861690.13833206337596
8.9279-46.07930.21871530.17013079323290

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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