PDB-3nl2: The Crystal Structure of Candida glabrata THI6, a Bifunctional En...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nl2

タイトル

The Crystal Structure of Candida glabrata THI6, a Bifunctional Enzyme involved in Thiamin Biosyhthesis of Eukaryotes

要素

Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / THI6 /

Bifunctional Enzyme (ホスホフルクトキナーゼ2) / Thiamin Biosynthesis / Eukaryoyes

機能・相同性

機能・相同性情報

hydroxyethylthiazole kinase activity /

thiamine-phosphate diphosphorylase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / magnesium ion binding /

ATP binding /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida glabrata (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.08 Å

データ登録者

Paul, D. / Chatterjee, A. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Domain Organization in Candida glabrata THI6, a Bifunctional Enzyme Required for Thiamin Biosynthesis in Eukaryotes .
著者: Paul, D. / Chatterjee, A. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.

履歴

登録	2010年6月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年5月29日	Group: Other
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nl2.cif.gz	547.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nl2.ent.gz	453.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nl2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/3nl2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/3nl2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3nl3C 3nl5C 3nl6C 3nm1C 3nm3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3nl3-d 3nm3-d 3nm1-d 3nl5-1 3nl6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme

B: Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme

C: Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme

D: Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme

E: Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme

F: Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme

349 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.473, 153.008, 146.746
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.290, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (resseq 2:4 or resseq 6:46 or resseq...
2	1	1	chain B and (resseq 2:4 or resseq 6:46 or resseq...
3	1	1	chain C and (resseq 2:4 or resseq 6:46 or resseq...
4	1	1	chain D and (resseq 2:4 or resseq 6:46 or resseq...
5	1	1	chain E and (resseq 2:4 or resseq 6:46 or resseq...
6	1	1	chain F and (resseq 2:4 or resseq 6:46 or resseq...

#1: タンパク質	Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme 分子量: 58126.605 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida glabrata (菌類) / 遺伝子: CAGL0E05808g, THI6 / プラスミド: THT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Star(DE3) 参照: UniProt: Q6FV03, thiamine phosphate synthase, hydroxyethylthiazole kinase

#1: タンパク質

Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme

分子量: 58126.605 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Candida glabrata (菌類) / 遺伝子: CAGL0E05808g, THI6 / プラスミド: THT / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Star(DE3)
参照: UniProt: Q6FV03, thiamine phosphate synthase,

hydroxyethylthiazole kinase

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.84 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 30% PEG400, 200 mM MgCl2, 100 mM HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.08→37 Å / Num. all: 75076 / Num. obs: 75076

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.08→37 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 2.94 / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 25.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2442	3554	5.05 %
R_work	0.2138	-	-
obs	0.2153	70322	85.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 21.976 Å² / k_sol: 0.3 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	25.796 Å²	-0 Å²	18.6777 Å²
2-	-	2.7396 Å²	0 Å²
3-	-	-	-28.5356 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.08→37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22460	0	0	0	22460

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	22864
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.165	31035
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.207	8159
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	3710
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3999

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	3681	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	3681	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.052
1	3	C	3656	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
1	4	D	3683	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.052
1	5	E	3709	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.055
1	6	F	3633	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.047

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0771-3.1192	0.3798	72	0.3542	1324	X-RAY DIFFRACTION	42
3.1192-3.1638	0.4088	94	0.3313	1776	X-RAY DIFFRACTION	58
3.1638-3.211	0.3444	101	0.3101	2006	X-RAY DIFFRACTION	64
3.211-3.2611	0.3367	115	0.3066	2160	X-RAY DIFFRACTION	70
3.2611-3.3146	0.322	126	0.2956	2301	X-RAY DIFFRACTION	75
3.3146-3.3717	0.3052	104	0.2857	2415	X-RAY DIFFRACTION	78
3.3717-3.433	0.3001	144	0.2897	2536	X-RAY DIFFRACTION	82
3.433-3.4989	0.311	145	0.2598	2584	X-RAY DIFFRACTION	83
3.4989-3.5703	0.3164	130	0.2543	2675	X-RAY DIFFRACTION	86
3.5703-3.6479	0.2935	162	0.237	2732	X-RAY DIFFRACTION	88
3.6479-3.7327	0.2535	135	0.2182	2679	X-RAY DIFFRACTION	87
3.7327-3.8259	0.2273	139	0.2087	2768	X-RAY DIFFRACTION	88
3.8259-3.9293	0.2505	156	0.2037	2818	X-RAY DIFFRACTION	91
3.9293-4.0447	0.2123	170	0.2018	2857	X-RAY DIFFRACTION	93
4.0447-4.1751	0.1998	153	0.1855	2927	X-RAY DIFFRACTION	94
4.1751-4.3241	0.2423	139	0.167	2983	X-RAY DIFFRACTION	95
4.3241-4.497	0.1966	137	0.1503	2965	X-RAY DIFFRACTION	95
4.497-4.7013	0.1635	186	0.1492	2983	X-RAY DIFFRACTION	96
4.7013-4.9486	0.1987	162	0.1537	2976	X-RAY DIFFRACTION	96
4.9486-5.2579	0.1961	159	0.1618	3037	X-RAY DIFFRACTION	97
5.2579-5.6626	0.2153	157	0.1688	3034	X-RAY DIFFRACTION	97
5.6626-6.2301	0.224	179	0.1822	2981	X-RAY DIFFRACTION	97
6.2301-7.1263	0.2249	166	0.19	3060	X-RAY DIFFRACTION	97
7.1263-8.958	0.1796	161	0.1582	3092	X-RAY DIFFRACTION	98
8.958-37.4736	0.2257	162	0.2126	3099	X-RAY DIFFRACTION	97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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