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- PDB-3nig: The Closed Headpiece of Integrin IIb 3 and its Complex with an II... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nig
タイトルThe Closed Headpiece of Integrin IIb 3 and its Complex with an IIb 3 -Specific Antagonist That Does Not Induce Opening
要素
  • (Monoclonal antibody 10E5 ...) x 2
  • Integrin alpha-IIb
  • Integrin beta-3Integrin beta 3
キーワードCELL ADHESION/BLOOD CLOTTING / integrin (インテグリン) / headpiece / alphaIIB / beta3 / CELL ADHESION-IMMUNE SYSTEM complex / CELL ADHESION-BLOOD CLOTTING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / regulation of extracellular matrix organization / platelet alpha granule membrane / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation ...tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / regulation of extracellular matrix organization / platelet alpha granule membrane / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of lipoprotein metabolic process / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / maintenance of postsynaptic specialization structure / fibrinogen binding / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / blood coagulation, fibrin clot formation / negative regulation of lipid transport / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / glycinergic synapse / negative regulation of low-density lipoprotein receptor activity / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / angiogenesis involved in wound healing / Elastic fibre formation / cell-substrate junction assembly / mesodermal cell differentiation / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / platelet-derived growth factor receptor binding / filopodium membrane / extracellular matrix binding / positive regulation of fibroblast migration / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / regulation of bone resorption / apoptotic cell clearance / wound healing, spreading of epidermal cells / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / Molecules associated with elastic fibres / positive regulation of leukocyte migration / positive regulation of cell-matrix adhesion / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / smooth muscle cell migration / microvillus membrane / cell adhesion mediated by integrin / Syndecan interactions / negative chemotaxis / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / activation of protein kinase activity / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / cell-substrate adhesion / protein disulfide isomerase activity / positive regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of osteoblast proliferation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / PECAM1 interactions / lamellipodium membrane / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / fibronectin binding / ECM proteoglycans / positive regulation of T cell migration / positive regulation of bone resorption / Integrin cell surface interactions / coreceptor activity / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / cell adhesion molecule binding / positive regulation of endothelial cell proliferation / 着床 / positive regulation of endothelial cell migration / Integrin signaling / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell-matrix adhesion / Signal transduction by L1 / response to activity / integrin-mediated signaling pathway / regulation of actin cytoskeleton organization / protein kinase C binding / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / wound healing / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / MAP2K and MAPK activation / 凝固・線溶系 / 血小板 / ruffle membrane / VEGFA-VEGFR2 Pathway / 細胞接着 / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of angiogenesis / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / regulation of protein localization
類似検索 - 分子機能
ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / Integrin alpha, N-terminal / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : ...ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / Integrin alpha, N-terminal / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain cysteine-rich domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha cytoplasmic region / EGF-like domain, extracellular / EGF様ドメイン / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / von Willebrand factor, type A domain / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin beta-3 / Integrin alpha-IIb
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Zhu, J.H. / Zhu, J.Q. / Springer, T.A.
引用ジャーナル: Blood / 年: 2010
タイトル: Closed headpiece of integrin {alpha}IIb{beta}3 and its complex with an {alpha}IIb{beta}3-specific antagonist that does not induce opening.
著者: Zhu, J. / Zhu, J. / Negri, A. / Provasi, D. / Filizola, M. / Coller, B.S. / Springer, T.A.
履歴
登録2010年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-IIb
B: Integrin beta-3
C: Integrin alpha-IIb
D: Integrin beta-3
E: Monoclonal antibody 10E5 heavy chain
F: Monoclonal antibody 10E5 light chain
H: Monoclonal antibody 10E5 heavy chain
L: Monoclonal antibody 10E5 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)300,99437
ポリマ－297,1488
非ポリマー3,84729
水22,1041227
1
A: Integrin alpha-IIb
B: Integrin beta-3
H: Monoclonal antibody 10E5 heavy chain
L: Monoclonal antibody 10E5 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,54319
ポリマ－148,5744
非ポリマー1,96915
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Integrin alpha-IIb
D: Integrin beta-3
E: Monoclonal antibody 10E5 heavy chain
F: Monoclonal antibody 10E5 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,45118
ポリマ－148,5744
非ポリマー1,87714
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)260.670, 145.170, 104.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Integrin alpha-IIb / Platelet membrane glycoprotein IIb / GPalpha IIb / GPIIb / Integrin alpha-IIb heavy chain


分子量: 49515.965 Da / 分子数: 2 / 断片: Integrin alpha-IIb, residues 32-488 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGA2B, GP2B, ITGAB / プラスミド: pCDNA 3.1, pEF1 / Cell (発現宿主): CHO / 細胞株 (発現宿主): Lec 3.2.8.1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): CHO Lec 3.2.8.1 / 参照: UniProt: P08514
#2: タンパク質 Integrin beta-3 / Integrin beta 3 / Platelet membrane glycoprotein IIIa / GPIIIa / CD61


分子量: 51958.789 Da / 分子数: 2 / 断片: Integrin beta-3, residues 27-497 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGB3, GP3A / プラスミド: pCDNA 3.1, pEF1 / Cell (発現宿主): CHO / 細胞株 (発現宿主): Lec 3.2.8.1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P05106

-
抗体 , 2種, 4分子 EHFL

#3: 抗体 Monoclonal antibody 10E5 heavy chain


分子量: 23766.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / 細胞株: 10E5 HYBRIDOMA
#4: 抗体 Monoclonal antibody 10E5 light chain


分子量: 23332.686 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / 細胞株: 10E5 HYBRIDOMA

-
糖 , 3種, 6分子

#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#11: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 1250分子

#7: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#10: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#12: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.01 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.9
詳細: 11% PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97948 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月14日
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97948 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 187880 / Num. obs: 187671 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.63 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 12.11
反射 シェル解像度: 2.25→2.31 Å / 冗長度: 5.98 % / Rmerge(I) obs: 0.994 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 13781 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NID

3nid


解像度: 2.25→48.491 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 1009 0.54 %
Rwork0.1717 --
obs0.1719 187662 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.268 Å2 / ksol: 0.378 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.0843 Å20 Å2-0 Å2
2--3.0583 Å2-0 Å2
3----0.974 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→48.491 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20735 0 224 1227 22186
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00921518
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15329249
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3857692
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0713252
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053795
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.36860.2561460.213826386X-RAY DIFFRACTION100
2.3686-2.5170.25321290.190126447X-RAY DIFFRACTION100
2.517-2.71140.24041400.170326453X-RAY DIFFRACTION100
2.7114-2.98420.2131360.162926594X-RAY DIFFRACTION100
2.9842-3.41590.23831530.160326563X-RAY DIFFRACTION100
3.4159-4.30330.17411550.150326772X-RAY DIFFRACTION100
4.3033-48.50260.1851500.156927438X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5303-0.0187-0.1490.49880.39330.6514-0.0126-0.0168-0.02990.0636-0.00780.0230.1431-0.02620.020.16080.00630.0538-0.01970.04990.124551.361390.964654.3938
21.34730.2875-0.5320.4964-0.35131.2867-0.0901-0.0744-0.0675-0.1104-0.0256-0.05930.26690.30990.12190.20330.0570.07160.20290.01120.13484.977386.9114117.5757
31.9538-1.38181.32881.3354-0.72311.0358-0.31160.68370.54660.22510.0657-0.51240.1871.3116-0.01310.47330.41820.04531.6711-0.39240.9053123.942688.726735.2145
40.2747-0.0672-0.38810.3170.39081.3540.0085-0.09840.31-0.02610.3525-0.17030.11410.9141-0.38260.22760.08690.01140.607-0.24770.6054101.6846108.057352.6381
50.64430.2311-0.05161.15370.45640.52360.0316-0.02340.1191-0.00810.078-0.0826-0.11610.027-0.05090.21810.01020.04620.05060.00180.204768.2942119.027463.3295
60.16860.2471-0.11280.395-0.09940.15150.1645-1.00570.212-0.1366-0.4804-0.06740.10650.42370.23450.39590.25280.12941.4701-0.16110.7437117.626190.205519.8589
71.27871.1320.26981.2559-0.11391.2203-0.38-0.0222-0.1525-0.3072-0.11140.24150.6495-1.12620.23150.6119-0.64110.17771.0559-0.01450.454715.586170.9675140.7228
80.92560.1841-0.96320.3203-0.37431.9122-0.29920.5466-0.0012-0.11720.2293-0.0010.449-1.0005-0.00370.3468-0.24960.02430.69140.11160.249831.846687.8586115.8306
90.9902-0.15380.02640.2283-0.3511.4439-0.02410.22520.1069-0.04110.095-0.00370.068-0.2386-0.05330.1984-0.07420.02530.21250.07680.133561.0605102.788399.3917
101.2160.198-0.90270.0976-0.13783.1732-0.3481-0.02930.5558-0.0563-0.07920.14470.3789-0.26980.29810.4355-0.25780.11660.625-0.07740.386519.732380.8706153.3467
111.4127-0.1364-0.78861.30240.380.7510.1498-0.17670.040.4858-0.2690.14460.2394-0.26430.12070.3541-0.10630.16440.437-0.08750.292318.364497.273982.6918
122.9402-1.33590.74690.615-0.29592.818-0.27990.0339-1.6790.25560.15550.50580.80160.4030.1490.36050.06970.23880.35760.07661.5889-13.779781.86792.8544
130.26380.2718-0.27941.80220.7241.36260.02730.19090.0486-0.064-0.5460.85970.0136-0.84880.50630.1307-0.02630.0530.658-0.27270.61097.051496.500964.3021
141.3704-0.1037-0.41240.26820.39090.7912-0.42490.368-1.51040.0572-0.12060.41630.0297-0.43740.53190.1540.03140.23690.4951-0.08640.9255-22.17893.859186.1368
151.117-0.31520.37891.0556-0.71360.64310.05370.2873-0.011-0.8477-0.1376-0.14631.06280.25650.15940.84670.01020.27460.79890.00590.36115.633490.174586.1974
160.3856-0.0277-0.04510.00010.0210.03840.39150.3139-0.0281-0.1959-0.1246-0.15440.55360.2121-0.13371.27460.87620.08441.49120.05280.7839151.047382.25979.7093
171.5807-1.54040.78831.6921-0.40551.3636-0.1456-0.25520.8793-0.0266-0.153-0.75510.0970.60650.2330.1945-0.05990.16790.87150.05220.5967126.0399100.3007102.2099
180.0085-0.05510.02560.26370.13951.2072-0.063-0.21280.0787-0.2116-0.0568-0.5257-0.00921.56320.05520.37890.25120.421.53230.31270.7915155.110998.261180.3064
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 1:450
2X-RAY DIFFRACTION2chain C and resid 1:450
3X-RAY DIFFRACTION3chain B and resid 1:57
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and (resid 58:107 or resid 354:432)
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and resid 109:352
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and resid 433:461
7X-RAY DIFFRACTION7chain D and resid 1:57
8X-RAY DIFFRACTION8chain D and (resid 58:107 or resid 354:432)
9X-RAY DIFFRACTION9chain D and resid 109:352
10X-RAY DIFFRACTION10chain D and resid 433:461
11X-RAY DIFFRACTION11chain H and resid 1:119
12X-RAY DIFFRACTION12chain H and resid 120:221
13X-RAY DIFFRACTION13chain L and resid 1:108
14X-RAY DIFFRACTION14chain L and resid 109:214
15X-RAY DIFFRACTION15chain E and resid 1:119
16X-RAY DIFFRACTION16chain E and resid 120:221
17X-RAY DIFFRACTION17chain F and resid 1:108
18X-RAY DIFFRACTION18chain F and resid 109:214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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