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- PDB-3nd0: X-ray crystal structure of a slow cyanobacterial Cl-/H+ antiporter -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nd0
タイトルX-ray crystal structure of a slow cyanobacterial Cl-/H+ antiporter
要素Sll0855 protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / CLC family CL-/H+ antiporter / CLC_EC1 homolog / Synechocystis sp. PCC 6803 / P73745
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated chloride channel activity / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Clc chloride channel / Clc chloride channel / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / クロライドチャネル / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Synechocystis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Jayaram, H. / Robertson, J. / Wu, F. / Williams, C. / Miller, C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Structure of a Slow CLC Cl(-)/H(+) Antiporter from a Cyanobacterium.
著者: Jayaram, H. / Robertson, J.L. / Wu, F. / Williams, C. / Miller, C.
履歴
登録2010年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sll0855 protein
B: Sll0855 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,2814
ポリマ－100,2102
非ポリマー712
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area30380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)203.790, 203.790, 96.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A-99999 - 99999
2111B-99999 - 99999

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要素

#1: タンパク質 Sll0855 protein


分子量: 50105.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: sll0855 / Plasmid details: 469008 / プラスミド: pASK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P73745
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 30 % PEG 400, 200 mM CaCl2 , Tris-HCl 100 mM pH 8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 78 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→67 Å / Num. all: 35234 / Num. obs: 35234 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 15.1 % / Rsym value: 0.258

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 31.69 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.2 Å66.71 Å
Translation3.2 Å66.71 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.1_357精密化
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SCALA3.3.16データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→65.219 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.874 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.865 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.52 / σ(F): 0.16 / 位相誤差: 25.15 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2688 1799 5.12 %
Rwork0.2426 --
obs0.2439 35118 91.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.135 Å2 / ksol: 0.272 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.8942 Å2-0 Å20 Å2
2---5.8942 Å2-0 Å2
3---11.7883 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→65.219 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6398 0 2 0 6400
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036552
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7658914
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5252308
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451060
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051102
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3195 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
TIGHT POSITIONAL0.070.05
TIGHT THERMAL0.120.5
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2001-3.28660.33711260.31832469X-RAY DIFFRACTION89
3.2866-3.38330.31741310.30132518X-RAY DIFFRACTION90
3.3833-3.49250.27021620.27012441X-RAY DIFFRACTION90
3.4925-3.61730.28341410.24422491X-RAY DIFFRACTION90
3.6173-3.76210.27921440.24392481X-RAY DIFFRACTION90
3.7621-3.93330.24711160.23492501X-RAY DIFFRACTION90
3.9333-4.14070.21471400.21482479X-RAY DIFFRACTION89
4.1407-4.40010.22711190.19982490X-RAY DIFFRACTION88
4.4001-4.73970.22241290.19772490X-RAY DIFFRACTION89
4.7397-5.21650.24111510.20452500X-RAY DIFFRACTION89
5.2165-5.97090.26761400.23482706X-RAY DIFFRACTION96
5.9709-7.52090.27361600.22962839X-RAY DIFFRACTION100
7.5209-65.23290.27081400.25342914X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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