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Yorodumi- PDB-3n6o: Crystal structure of the GEF and P4M domain of DrrA/SidM from Leg... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3n6o | ||||||
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Title | Crystal structure of the GEF and P4M domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila | ||||||
Components | guanine nucleotide exchange factor | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / phosphatidylinositol-4-phosphate / membrane / GEF / Rab / LCV / P4M / RabGEF | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / protein guanylylation / AMPylase activity / protein adenylyltransferase / protein adenylylation / host cell cytoplasmic vesicle / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / protein targeting to membrane / regulation of GTPase activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity ...: / protein guanylylation / AMPylase activity / protein adenylyltransferase / protein adenylylation / host cell cytoplasmic vesicle / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / protein targeting to membrane / regulation of GTPase activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / host cell cytoplasmic vesicle membrane / small GTPase binding / protein guanylyltransferase activity / extracellular region / ATP binding / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Legionella pneumophila (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Schoebel, S. / Blankenfeldt, W. / Goody, R.S. / Itzen, A. | ||||||
Citation | Journal: Embo Rep. / Year: 2010 Title: High-affinity binding of phosphatidylinositol 4-phosphate by Legionella pneumophila DrrA. Authors: Schoebel, S. / Blankenfeldt, W. / Goody, R.S. / Itzen, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3n6o.cif.gz | 247.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3n6o.ent.gz | 201 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3n6o.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/3n6o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/3n6o | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 35124.957 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: GEF and P4M domains (UNP residues 340-647) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Legionella pneumophila (bacteria) / Strain: Philadelphia / Gene: DrrA, lpg2464 / Plasmid: pET19mod_TEV / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) RIL / References: UniProt: Q5ZSQ3 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / pH: 4.8 Details: 20% (w/v) PEG4000, 0.16 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, 20% glycerol, pH 4.8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 8, 2009 / Details: SI(111) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SI(111) MONOCHROMATOR / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Av σ(I) over netI: 10.61 / Number: 284116 / Rmerge(I) obs: 0.278 / D res high: 2.7 Å / Num. obs: 38712 / % possible obs: 100 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.5→19.9 Å / Num. obs: 26358 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 38.03 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.552 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.5→19.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 15.7 / SU ML: 0.174 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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Solvent computation | Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 45.126 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→19.9 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.5→2.56 Å
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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