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- PDB-3n5b: The complex of PII and PipX from Anabaena -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n5b
タイトルThe complex of PII and PipX from Anabaena
要素
  • Asr0485 protein
  • Nitrogen regulatory protein P-II
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / PII / PipX / signal transducer (シグナル伝達)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of nitrogen utilization / enzyme regulator activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function (DUF3539) / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #870 / PII-interacting protein X, cyanobacteria / PII-interacting protein X / Nitrogen regulatory protein P-II, urydylation site / P-II protein uridylation site. / Nitrogen regulatory protein PII, conserved site / P-II protein C-terminal region signature. / Nitrogen regulatory protein P-II / Nitrogen regulatory protein P-II ...Protein of unknown function (DUF3539) / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #870 / PII-interacting protein X, cyanobacteria / PII-interacting protein X / Nitrogen regulatory protein P-II, urydylation site / P-II protein uridylation site. / Nitrogen regulatory protein PII, conserved site / P-II protein C-terminal region signature. / Nitrogen regulatory protein P-II / Nitrogen regulatory protein P-II / Nitrogen regulatory protein PII / P-II protein family profile. / Alpha-Beta Plaits - #120 / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Asr0485 protein / Nitrogen regulatory protein P-II
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc (ネンジュモ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Jiang, Y.-L. / Zhao, M.-X. / Xu, B.-Y. / Chen, Y.-X. / Zhang, C.-C. / Zhou, C.-Z.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of the cyanobacterial signal transduction protein PII in complex with PipX.
著者: Zhao, M.-X. / Jiang, Y.-L. / Xu, B.-Y. / Chen, Y.-X. / Zhang, C.-C. / Zhou, C.-Z.
履歴
登録2010年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrogen regulatory protein P-II
B: Asr0485 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3325
ポリマ－25,7122
非ポリマー6193
水2,396133
1
A: Nitrogen regulatory protein P-II
B: Asr0485 protein
ヘテロ分子

A: Nitrogen regulatory protein P-II
B: Asr0485 protein
ヘテロ分子

A: Nitrogen regulatory protein P-II
B: Asr0485 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,99515
ポリマ－77,1376
非ポリマー1,8589
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area14540 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area26360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.645, 70.645, 88.544
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-128-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Nitrogen regulatory protein P-II / PII protein


分子量: 12510.517 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc (ネンジュモ) / 株: PCC 7120 / 遺伝子: all2319, glnB / プラスミド: pET29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9L422
#2: タンパク質 Asr0485 protein / NtcA-interacting protein


分子量: 13201.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc (ネンジュモ) / 株: PCC 7120 / 遺伝子: asr0485 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8YZH5
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.42 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.6M ammonium sulfate, 0.1M Tris-Cl pH8.5, 6.4% v/v Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9194 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9194 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→88.54 Å / Num. obs: 20553 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 27.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 1980

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QY7

1qy7


解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 7.394 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24507 1052 5.1 %RANDOM
Rwork0.19783 ---
obs0.20014 19435 99.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.516 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4 Å2-0.2 Å20 Å2
2---0.4 Å20 Å2
3---0.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1602 0 37 133 1772
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221660
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.531.9872238
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7845196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.32123.65982
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.66915312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.2231517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2251
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021218
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9821.5978
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7721586
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4673682
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0534.5652
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.902→1.951 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 65 -
Rwork0.24 1386 -
obs--96.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9755-0.1057-0.22861.7198-0.26782.7783-0.0047-0.2389-0.11780.2412-0.00860.18190.0572-0.41580.01330.2149-0.00190.04510.29710.00860.027424.52819.18632.154
25.091-0.33432.75062.12480.02712.16940.1117-0.1057-0.2339-0.08820.02230.13940.08-0.1447-0.1340.181-0.0167-0.00820.22420.01150.08116.87415.48.969
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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