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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3n4z | ||||||
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タイトル | Crystal structure of quintuple Arg-to-Lys variant of T. celer L30e | ||||||
要素 | 50S ribosomal protein L30eリボソーム | ||||||
キーワード | RIBOSOMAL PROTEIN / L30e / quintuple / Arg-to-Lys | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytosolic large ribosomal subunit / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermococcus celer (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3973 Å | ||||||
データ登録者 | Chan, C.H. / Wong, K.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2012 タイトル: Electrostatic contribution of surface charge residues to the stability of a thermophilic protein: benchmarking experimental and predicted pKa values 著者: Chan, C.H. / Wilbanks, C.C. / Makhatadze, G.I. / Wong, K.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3n4z.cif.gz | 50.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3n4z.ent.gz | 35.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3n4z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/3n4z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/3n4z | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10841.639 Da / 分子数: 2 / 変異: R8K, R21K, R42K, R54K, R76K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermococcus celer (古細菌) / プラスミド: pET3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P29160 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.51 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.8M potassium phosphate, 0.8M sodium phosphate, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3973→39.44 Å / Num. obs: 8086 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 14.7 % / Biso Wilson estimate: 33.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 15.4 / Num. measured all: 119186 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.3973→2.53 Å / 冗長度: 14.7 % / Rmerge(I) obs: 0.268 / Mean I/σ(I) obs: 8.7 / Num. unique all: 16877 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1H7M 解像度: 2.3973→19.489 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.8 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.88 / 位相誤差: 22.5 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 82.83 Å2 / ksol: 0.415 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 70.27 Å2 / Biso mean: 27.763 Å2 / Biso min: 12.97 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3973→19.489 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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