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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3n0a | ||||||
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タイトル | Crystal structure of auxilin (40-400) | ||||||
要素 | Tyrosine-protein phosphatase auxilin | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / phosphatase-like domain / C2 domain (C2ドメイン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of clathrin coat assembly / シナプス小胞 / clathrin heavy chain binding / synaptic vesicle uncoating / clathrin coat disassembly / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / clathrin-dependent endocytosis / クラスリン / clathrin binding / intracellular transport ...regulation of clathrin coat assembly / シナプス小胞 / clathrin heavy chain binding / synaptic vesicle uncoating / clathrin coat disassembly / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / clathrin-dependent endocytosis / クラスリン / clathrin binding / intracellular transport / 脱リン酸化 / heat shock protein binding / protein tyrosine phosphatase activity / SH3 domain binding / presynapse / vesicle / postsynaptic density / molecular adaptor activity / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Harrison, S.C. / Guan, R. / Dai, H. / Kirchhausen, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2010 タイトル: Structure of the PTEN-like Region of Auxilin, a Detector of Clathrin-Coated Vesicle Budding. 著者: Guan, R. / Han, D. / Harrison, S.C. / Kirchhausen, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3n0a.cif.gz | 155.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3n0a.ent.gz | 121.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3n0a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/3n0a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/3n0a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1d5rS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41444.547 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 40-400 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: DNAJC6 参照: UniProt: Q27974, プロテインチロシンホスファターゼ | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.83 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 15.5% PEG 4000, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.01 M CaCl2, 0.8 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月11日 |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.18→50 Å / Num. obs: 29000 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 22.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.18→2.22 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.531 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1D5R 解像度: 2.2→33.9 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.36 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.492 Å2 / ksol: 0.344 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→33.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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