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Yorodumi- PDB-3mxz: Crystal Structure of tubulin folding cofactor A from Arabidopsis ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3mxz | ||||||
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Title | Crystal Structure of tubulin folding cofactor A from Arabidopsis thaliana | ||||||
Components | Tubulin-specific chaperone A | ||||||
Keywords | CHAPERONE / helix bundle | ||||||
Function / homology | Function and homology information post-chaperonin tubulin folding pathway / tubulin complex assembly / beta-tubulin binding / tubulin binding / peroxisome / microtubule cytoskeleton / protein folding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Arabidopsis thaliana (thale cress) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.599 Å | ||||||
Authors | Lu, L. / Nan, J. / Mi, W. / Su, X.D. / Li, Y. | ||||||
Citation | |||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3mxz.cif.gz | 59.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3mxz.ent.gz | 42.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3mxz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/3mxz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/3mxz | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1qsdS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13128.794 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arabidopsis thaliana (thale cress) / Gene: KIS / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta / References: UniProt: O04350 | ||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.94 Å3/Da / Density % sol: 36.59 % / Mosaicity: 0.245 ° |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 Details: 35% PEG3350, 0.4M Sodium Nitrate, 0.1M Sodium Acetate, pH 4.6, vapor diffusion, sitting drop, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: EMBL/DESY, HAMBURG / Beamline: BW7A / Wavelength: 0.8015 Å |
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Oct 13, 2007 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8015 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.599→20 Å / Num. obs: 13258 / % possible obs: 99.8 % / Biso Wilson estimate: 16 Å2 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.66 Å / Redundancy: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 4.24 / Num. unique all: 1305 / Χ2: 0.787 / % possible all: 98.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1QSD Resolution: 1.599→17.683 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.862 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.95 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 71.513 Å2 / ksol: 0.403 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 102.71 Å2 / Biso mean: 23.147 Å2 / Biso min: 2.93 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.599→17.683 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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