[日本語] English
万見
- PDB-3mps: Peroxide Bound Oxidized Rubrerythrin from Pyrococcus furiosus -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mps
タイトルPeroxide Bound Oxidized Rubrerythrin from Pyrococcus furiosus
要素Rubrerythrin
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Diiron / rubrerythrin / peroxidase (ペルオキシダーゼ) / peroxide (過酸化物) / oxidized
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Rubrerythrin, rubredoxin-like domain / Rubrerythrin, diiron-binding domain / Rubrerythrin / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / フェリチン ...: / Rubrerythrin, rubredoxin-like domain / Rubrerythrin, diiron-binding domain / Rubrerythrin / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / フェリチン / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin-like / Single Sheet / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / MU-OXO-DIIRON / 過酸化水素 / Rubrerythrin
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Dillard, B.D. / Adams, M.W.W. / Lanzilotta, W.N.
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2011
タイトル: A cryo-crystallographic time course for peroxide reduction by rubrerythrin from Pyrococcus furiosus.
著者: Dillard, B.D. / Demick, J.M. / Adams, M.W. / Lanzilotta, W.N.
履歴
登録2010年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月3日Group: Database references
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Rubrerythrin
B: Rubrerythrin
D: Rubrerythrin
F: Rubrerythrin
G: Rubrerythrin
H: Rubrerythrin
I: Rubrerythrin
K: Rubrerythrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,62529
ポリマ－155,1878
非ポリマー1,43821
水7,476415
1
A: Rubrerythrin
B: Rubrerythrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1646
ポリマ－38,7972
非ポリマー3674
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8880 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area15060 Å2
手法PISA
2
D: Rubrerythrin
I: Rubrerythrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1487
ポリマ－38,7972
非ポリマー3515
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8910 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area15560 Å2
手法PISA
3
F: Rubrerythrin
K: Rubrerythrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1828
ポリマ－38,7972
非ポリマー3856
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8960 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area15370 Å2
手法PISA
4
G: Rubrerythrin
H: Rubrerythrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1328
ポリマ－38,7972
非ポリマー3356
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8940 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area15630 Å2
手法PISA
5
A: Rubrerythrin
B: Rubrerythrin
G: Rubrerythrin
H: Rubrerythrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,29514
ポリマ－77,5934
非ポリマー70210
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21130 Å2
ΔGint-256 kcal/mol
Surface area27380 Å2
手法PISA
6
D: Rubrerythrin
F: Rubrerythrin
I: Rubrerythrin
K: Rubrerythrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,33015
ポリマ－77,5934
非ポリマー73611
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21130 Å2
ΔGint-248 kcal/mol
Surface area27670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.398, 105.164, 105.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細dimer

-
要素

#1: タンパク質
Rubrerythrin /


分子量: 19398.340 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
参照: UniProt: Q9UWP7
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-FEO / MU-OXO-DIIRON


分子量: 127.689 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2O
#4: 化合物 ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE / 過酸化水素


分子量: 34.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.09 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Bis-Tris, 28% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2,000 , pH 6.5, EVAPORATION, temperature 297K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
詳細: Si 220. Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: Si 220. Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→105.41 Å / Num. obs: 117636 / % possible obs: 99.58 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 6.2 / 冗長度: 7 % / Rsym value: 0.121

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→105.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.896 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 5.019 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 5897 5 %RANDOM
Rwork0.242 ---
all0.245 ---
obs0.245 117636 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 304.87 Å2 / Biso mean: 24.062 Å2 / Biso min: 9.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.51 Å20 Å2-0.16 Å2
2---0.59 Å20 Å2
3----0.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→105.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10844 0 30 415 11289
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02211188
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2151.96414899
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.47351352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.5724.674522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.28151996
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1851539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21559
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.028423
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.25850
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.27643
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2557
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0170.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1790.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2610.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5771.57012
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.917210824
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.60434749
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.424.54075
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 404 -
Rwork0.252 7903 -
all-8307 -
obs--95.37 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る