L: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 2557 Fab light chain H: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 2557 Fab heavy chain P: HIV-1 gp120 third variable region (V3) crown A: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 2557 Fab light chain B: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 2557 Fab heavy chain C: HIV-1 gp120 third variable region (V3) crown D: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 2557 Fab light chain E: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 2557 Fab heavy chain G: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 2557 Fab light chain I: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 2557 Fab heavy chain
L: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 2557 Fab light chain H: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 2557 Fab heavy chain P: HIV-1 gp120 third variable region (V3) crown
A: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 2557 Fab light chain B: Human monoclonal anti-HIV-1 gp120 V3 antibody 2557 Fab heavy chain C: HIV-1 gp120 third variable region (V3) crown
AUTHORS STATE THAT THE FAB WERE MADE BY ENZYME DIGESTION, THEREFORE THE REAL ENDINGS OF THE CHAINS ...AUTHORS STATE THAT THE FAB WERE MADE BY ENZYME DIGESTION, THEREFORE THE REAL ENDINGS OF THE CHAINS ARE UNKNOWN.
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実験情報
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実験
実験
手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1
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試料調製
結晶
マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.63 %
結晶化
温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M Na formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年6月11日 詳細: Bent single Si (111) crystal monochromator (horizontal focusing and deflection) with vertical focusing mirror
放射
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.49→50 Å / Num. obs: 62552 / % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Χ2: 0.335 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル
解像度 (Å)
Rmerge(I) obs
Num. unique all
Χ2
% possible all
2.49-2.59
0.311
6227
0.166
100
2.59-2.69
0.228
6248
0.174
100
2.69-2.82
0.18
6249
0.188
100
2.82-2.96
0.122
6215
0.207
100
2.96-3.15
0.088
6282
0.243
100
3.15-3.39
0.061
6226
0.307
100
3.39-3.73
0.045
6253
0.405
100
3.73-4.27
0.034
6287
0.491
100
4.27-5.38
0.027
6272
0.584
100
5.38-50
0.025
6293
0.592
98.9
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
NB
DENZO
データ削減
SCALEPACK
データスケーリング
CNS
精密化
PDB_EXTRACT
3.1
データ抽出
MAR345dtb
データ収集
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
MOLREP
位相決定
REFMAC
5.2.0019
精密化
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.49→35.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 11.082 / SU ML: 0.251 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.863 / ESU R Free: 0.341 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.28
3177
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.202
-
-
-
obs
0.206
62523
99.35 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK