PDB-3mga: 2.4 Angstrom Crystal Structure of Ferric Enterobactin Esterase (f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mga

タイトル

2.4 Angstrom Crystal Structure of Ferric Enterobactin Esterase (fes) from Salmonella typhimurium

要素

Enterochelin esterase

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Ferric Enterobactin Esterase

機能・相同性

機能・相同性情報

enterochelin esterase activity / iron ion transport / iron ion binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Papazisi, L. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 2.4 Angstrom Crystal Structure of Ferric Enterobactin Esterase (fes) from Salmonella typhimurium.
著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Papazisi, L. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2010年4月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mga.cif.gz	337 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mga.ent.gz	289.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mga.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/3mga ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/3mga	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3c87-1 1fk8-d 4hxy-2 6fpt-2 5e7i-3 3dtn-d 3c8h-2 6rgy-2 3c87-2 6j0u-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: idp00118

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Enterochelin esterase

B: Enterochelin esterase

ヘテロ分子

93.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Enterochelin esterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Enterochelin esterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.489, 125.552, 66.606
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.43, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Enterochelin esterase / FERRIC ENTEROBACTIN ESTERASE 分子量: 46261.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 属: fes / 株: LT2 / 遺伝子: fes, STM0586 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8ZR39

#1: タンパク質

Enterochelin esterase / FERRIC ENTEROBACTIN ESTERASE

分子量: 46261.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
属: fes / 株: LT2 / 遺伝子: fes, STM0586 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8ZR39

-
非ポリマー , 6種, 192分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.13 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: Protein solution: 0.3M NaCl, 10mM HEPES (pH 7.5); Screen solution: 0.2M Sodium chloride, 0.1m Sodium citrate pH 5.6, 1% DMSO, 20% PEG3350, 0.3M NDSB, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月5日 / 詳細: Beryllium lenses
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 33389 / Num. obs: 33389 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 45.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 23.5
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.61 / Num. unique all: 1643 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
CRANK		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.4→29.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 12.649 / SU ML: 0.137 / Isotropic thermal model: Refined Individually / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.544 / ESU R Free: 0.277 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24498	1677	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1886	-	-	-
all	0.19147	31524	-	-
obs	0.19147	31524	98.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.679 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.09 Å²	0 Å²	0.99 Å²
2-	-	0.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6337	0	30	183	6550

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.021	6705
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4602
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.282	1.925	9180
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.791	3	11056
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	1.906	5	816
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	23.35	22.667	330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	8.779	15	1001
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.7	15	69
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	945
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	7607
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1476
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.732	1.5	4035
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.17	1.5	1613
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.317	2	6517
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.165	3	2670
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.355	4.5	2663

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3	114	-
R_work	0.231	2299	-
obs	-	2299	97.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1015	-0.0247	-0.3806	3.2307	-0.3304	4.8843	-0.104	0.4972	0.0588	-0.5427	0.1567	0.5409	-0.1218	-0.3686	-0.0527	0.1815	-0.0752	-0.1023	0.1986	0.0086	0.1219	8.3159	24.263	0.7538
2	4.9141	-2.2687	-1.5115	16.3857	5.2172	8.0939	-0.1995	0.3553	-0.066	-0.5172	0.5925	-0.7105	0.2932	0.7957	-0.393	0.1684	-0.1245	-0.0239	0.3131	-0.0165	0.0602	20.4185	19.3132	-1.2127
3	5.184	3.3295	2.1147	2.8464	0.5469	2.1947	-0.1584	-0.068	0.2198	0.0413	-0.048	0.157	0.0041	-0.0479	0.2065	0.1984	0.0276	0.0312	0.0572	-0.0612	0.1156	20.526	30.598	20.7458
4	1.9607	0.7092	-0.4953	2.8516	0.4318	2.2889	-0.0538	-0.108	-0.1491	0.1683	-0.0336	-0.1919	0.1591	0.33	0.0874	0.0231	0.0143	-0.0055	0.0569	0.0256	0.0268	36.8917	24.8303	25.3313
5	0.1309	1.8018	0.5678	33.5707	10.47	3.2688	-0.0642	-0.0054	-0.4271	-0.9934	1.2032	-3.4818	-0.2605	0.3715	-1.139	1.1276	0.2697	0.0289	0.6683	0.2686	2.0694	37.4189	3.8453	19.4158
6	1.9986	0.0494	0.2915	4.0827	0.71	4.8157	0.0321	-0.0286	-0.3811	0.0929	-0.218	-0.0332	0.4779	0.1377	0.1858	0.1171	-0.0119	0.0553	0.0273	0.003	0.1064	24.7543	13.1275	25.4285
7	5.6543	0.6087	1.4432	4.1028	0.7845	4.154	-0.0397	1.4958	0.2516	-0.7109	0.1265	-0.516	0.0798	0.4706	-0.0869	0.1425	0.0289	0.1135	0.5019	0.1569	0.1592	69.0601	60.5091	4.2434
8	9.0057	-3.549	3.3123	14.8313	-0.8296	6.9231	-0.0279	0.8093	0.3308	-1.0314	0.023	0.6971	-0.5045	-0.3714	0.0049	0.3021	-0.0308	0.0082	0.598	0.1219	0.1002	57.01	65.8202	1.7698
9	5.8012	1.946	-1.5876	2.5188	-0.5693	1.5049	0.078	0.0941	-0.3467	0.0462	-0.0792	-0.2703	0.1492	0.1134	0.0012	0.0813	0.0307	-0.0186	0.1052	0.0749	0.1311	56.7337	51.3479	22.2607
10	2.5861	0.5221	0.0333	3.0067	-0.1899	1.9901	0.112	-0.2548	0.1741	0.1907	0.0134	0.2052	0.0693	-0.2764	-0.1254	0.0179	-0.0194	0.0122	0.0757	0.0072	0.0303	40.23	56.4325	28.2286
11	5.1226	-2.0024	0.4506	9.1822	-3.6513	3.6803	0.1349	0.0829	0.8246	0.2617	0.0017	0.2809	-0.5588	-0.2383	-0.1367	0.1556	0.0335	0.025	0.0833	-0.0607	0.2888	42.1452	75.7584	28.3628
12	2.3997	0.8104	-1.0082	3.2763	-1.7976	2.4538	0.2262	-0.4212	0.4736	0.669	-0.3238	-0.2139	-0.5583	0.3443	0.0976	0.2193	-0.0544	-0.0596	0.1705	-0.0223	0.2066	53.2039	67.7331	29.5393

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 102
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	103 - 137
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	138 - 173
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	174 - 317
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	318 - 339
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	340 - 403
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	9 - 101
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	102 - 136
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	137 - 173
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	174 - 317
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	318 - 345
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	346 - 403

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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